More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4795 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.4 
 
 
417 aa  786    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.38 
 
 
435 aa  667    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.9 
 
 
440 aa  658    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.9 
 
 
440 aa  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
417 aa  811    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.9 
 
 
440 aa  658    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.56 
 
 
430 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.87 
 
 
439 aa  278  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.37 
 
 
450 aa  276  5e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  43.09 
 
 
423 aa  262  6.999999999999999e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  32.71 
 
 
432 aa  231  3e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  32.71 
 
 
432 aa  227  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.51 
 
 
300 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.14 
 
 
289 aa  172  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 
431 aa  166  9e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
305 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
429 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 
429 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  33.33 
 
 
423 aa  136  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  32.86 
 
 
423 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  31.38 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
303 aa  106  9e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
291 aa  104  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
298 aa  103  7e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
309 aa  103  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
299 aa  100  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
424 aa  99.8  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
295 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  27.89 
 
 
440 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.52 
 
 
442 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
308 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 
287 aa  96.3  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
306 aa  96.3  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
295 aa  95.5  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
309 aa  94.4  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
294 aa  93.6  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
294 aa  93.6  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
305 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
298 aa  91.3  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
306 aa  88.2  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
296 aa  87.4  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
296 aa  87  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
309 aa  87  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
312 aa  86.7  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.4 
 
 
302 aa  85.1  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
318 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.62 
 
 
316 aa  82.4  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.06 
 
 
194 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.34 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
294 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
412 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
316 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
431 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
506 aa  77.8  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
308 aa  77  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.52 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  27.75 
 
 
302 aa  76.3  0.0000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
326 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  27.97 
 
 
334 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  29.22 
 
 
294 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
306 aa  75.1  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
326 aa  74.3  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.88 
 
 
307 aa  73.9  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  24.44 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  27.33 
 
 
334 aa  73.6  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  30.09 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  23.73 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
301 aa  73.2  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.66 
 
 
340 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4565  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
298 aa  72.8  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  26.64 
 
 
338 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
338 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  28.47 
 
 
317 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  25.6 
 
 
340 aa  72  0.00000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
328 aa  72  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  25.55 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.76 
 
 
326 aa  71.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.09 
 
 
289 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.257288 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7062  NmrA family protein  30.86 
 
 
512 aa  70.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  29.21 
 
 
334 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  26.26 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
296 aa  69.7  0.00000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.17 
 
 
329 aa  69.7  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.26 
 
 
328 aa  69.3  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
320 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
319 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>