More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5884 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5884  hypothetical protein  100 
 
 		 338 aa  681    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1001  cobalamin synthesis protein, P47K  51.38 
 
 		 337 aa  316  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4198  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  48.61 
 
 		 335 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3932  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  48.37 
 
 		 335 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134364 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2744  cobalamin synthesis protein, P47K  49.69 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5645  cobalamin synthesis protein P47K  45.59 
 
 		 337 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2384  cobalamin synthesis protein P47K  45.24 
 
 		 364 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00979398  hitchhiker  0.00264822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2088  cobalamin synthesis protein P47K  45.24 
 
 		 364 aa  271  9e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0467724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1611  cobalamin synthesis protein/P47K  42.25 
 
 		 366 aa  271  9e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0903  cobalamin synthesis protein P47K  42.9 
 
 		 382 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0359  cobalamin synthesis protein P47K  44.12 
 
 		 387 aa  264  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1368  cobalamin synthesis protein P47K  43.7 
 
 		 408 aa  264  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.389271 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.32 
 
 		 386 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.87 
 
 		 390 aa  259  5.0000000000000005e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  43.7 
 
 		 390 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11430  cobalamin biosynthesis CobW-like domain protein  42.57 
 
 		 417 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.717633  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2571  cobalamin synthesis protein P47K  40.27 
 
 		 382 aa  252  8.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0868503  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4060  hypothetical protein  37.63 
 
 		 395 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1219  cobalamin synthesis protein P47K  46.63 
 
 		 366 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.338424 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2035  cobalamin synthesis protein P47K  44 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3895  cobalamin synthesis protein P47K  36.16 
 
 		 391 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307533 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4357  cobalamin synthesis protein, P47K  42.24 
 
 		 419 aa  247  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1380  cobalamin synthesis protein P47K  46.04 
 
 		 366 aa  245  8e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2534  cobW protein  40.47 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.132259  normal  0.646517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5439  cobalamin synthesis protein P47K  44.06 
 
 		 367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3607  cobalamin synthesis protein P47K  35.52 
 
 		 394 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1160  cobalamin synthesis protein, P47K  43.4 
 
 		 420 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6056  cobalamin synthesis protein P47K  41.99 
 
 		 345 aa  242  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1159  cobalamin synthesis protein P47K  44.67 
 
 		 375 aa  242  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0507  cobalamin synthesis protein P47K  40.46 
 
 		 377 aa  238  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  40.17 
 
 		 372 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1336  cobalamin synthesis protein P47K  40 
 
 		 407 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0231  cobalamin synthesis protein P47K  43.66 
 
 		 377 aa  230  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  normal  0.0246685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5629  cobalamin synthesis protein P47K  42.42 
 
 		 361 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.431844  normal  0.176187 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1230  cobalamin synthesis protein, P47K  37.69 
 
 		 340 aa  222  9e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.312902 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0557  cobalamin synthesis protein P47K  38.28 
 
 		 470 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3179  cobalamin synthesis protein, P47K  40.73 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  0.0623064 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0674  ATP/GTP binding protein  34.26 
 
 		 355 aa  204  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.499704  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1229  cobalamin synthesis protein, P47K  36.25 
 
 		 335 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3058  cobalamin synthesis protein, P47K  36.12 
 
 		 350 aa  193  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408914  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  37.42 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  36.45 
 
 		 328 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.71 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  36.59 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.71 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.02 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  32.72 
 
 		 319 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.54 
 
 		 316 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  34.4 
 
 		 394 aa  182  9.000000000000001e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.62 
 
 		 319 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.92 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.61 
 
 		 316 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  32.61 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  33.02 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  32.2 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  33.05 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  34.45 
 
 		 326 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  34.72 
 
 		 323 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  31.08 
 
 		 319 aa  176  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3760  cobalamin synthesis protein, P47K  40.06 
 
 		 326 aa  175  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  33.83 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  34.63 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  32.04 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  33.74 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3684  cobalamin synthesis protein, P47K  33.33 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  34.01 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1331  cobalamin synthesis protein, P47K  37.5 
 
 		 366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  34.34 
 
 		 359 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  34.37 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  35.29 
 
 		 320 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  38.67 
 
 		 323 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  33.62 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  34.21 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  33.52 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  34.94 
 
 		 352 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  32.26 
 
 		 384 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  37.61 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2994  cobalamin synthesis protein P47K  32.79 
 
 		 372 aa  169  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  33.05 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  37.39 
 
 		 325 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  32.39 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  37.35 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  31.59 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  33.51 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.65 
 
 		 345 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  32.49 
 
 		 352 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  32.13 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  32.58 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  34.49 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  32.59 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  32.82 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  32.82 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  32.96 
 
 		 393 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  31.97 
 
 		 363 aa  165  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  31.65 
 
 		 355 aa  165  9e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  32.78 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  33.43 
 
 		 404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  31.77 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  33.73 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>