More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1160 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1160  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 420 aa  852    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11430  cobalamin biosynthesis CobW-like domain protein  52.15 
 
 		 417 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.717633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4357  cobalamin synthesis protein, P47K  51.13 
 
 		 419 aa  394  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1336  cobalamin synthesis protein P47K  51.13 
 
 		 407 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0507  cobalamin synthesis protein P47K  46.67 
 
 		 377 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2534  cobW protein  42.65 
 
 		 349 aa  244  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.132259  normal  0.646517 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1368  cobalamin synthesis protein P47K  40.21 
 
 		 408 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.389271 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  38.9 
 
 		 390 aa  239  8e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1611  cobalamin synthesis protein/P47K  37.67 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1230  cobalamin synthesis protein, P47K  38.08 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.312902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5884  hypothetical protein  42.27 
 
 		 338 aa  236  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1001  cobalamin synthesis protein, P47K  41.23 
 
 		 337 aa  229  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0359  cobalamin synthesis protein P47K  37.71 
 
 		 387 aa  223  6e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3607  cobalamin synthesis protein P47K  35.08 
 
 		 394 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3895  cobalamin synthesis protein P47K  35 
 
 		 391 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307533 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2744  cobalamin synthesis protein, P47K  38.12 
 
 		 328 aa  216  8e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2384  cobalamin synthesis protein P47K  38.36 
 
 		 364 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00979398  hitchhiker  0.00264822 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0557  cobalamin synthesis protein P47K  37.28 
 
 		 470 aa  212  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2035  cobalamin synthesis protein P47K  39.53 
 
 		 331 aa  210  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  37.5 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4060  hypothetical protein  34.2 
 
 		 395 aa  207  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3179  cobalamin synthesis protein, P47K  40.87 
 
 		 334 aa  206  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  0.0623064 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4198  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  38.32 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1219  cobalamin synthesis protein P47K  39.73 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.338424 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3932  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  39.52 
 
 		 335 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134364 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0903  cobalamin synthesis protein P47K  34.77 
 
 		 382 aa  199  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2571  cobalamin synthesis protein P47K  33.98 
 
 		 382 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0868503  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.76 
 
 		 386 aa  196  6e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.33 
 
 		 390 aa  195  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1229  cobalamin synthesis protein, P47K  37.13 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1380  cobalamin synthesis protein P47K  39.18 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5439  cobalamin synthesis protein P47K  37.54 
 
 		 367 aa  192  9e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6056  cobalamin synthesis protein P47K  36.1 
 
 		 345 aa  192  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0231  cobalamin synthesis protein P47K  38.01 
 
 		 377 aa  192  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  normal  0.0246685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1159  cobalamin synthesis protein P47K  38.46 
 
 		 375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5629  cobalamin synthesis protein P47K  37.93 
 
 		 361 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.431844  normal  0.176187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  37.28 
 
 		 328 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  33.82 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  35.07 
 
 		 404 aa  177  4e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2088  cobalamin synthesis protein P47K  35.07 
 
 		 364 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0467724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  36.04 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4271  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  36.15 
 
 		 325 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  37.43 
 
 		 325 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  37.78 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  34.6 
 
 		 343 aa  169  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  37.43 
 
 		 325 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4636  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  35.57 
 
 		 325 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  32.76 
 
 		 350 aa  167  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  35.42 
 
 		 352 aa  167  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  33.05 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3760  cobalamin synthesis protein, P47K  34.87 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  32.33 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  36.15 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  34.6 
 
 		 351 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  33.73 
 
 		 332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  32.66 
 
 		 323 aa  166  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  32.66 
 
 		 323 aa  166  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  37.14 
 
 		 325 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  33.99 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  33.43 
 
 		 326 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5645  cobalamin synthesis protein P47K  32.94 
 
 		 337 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  32.97 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5092  cobalamin synthesis protein P47K  33.43 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2571  normal  0.304684 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  32.54 
 
 		 323 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  31.95 
 
 		 323 aa  162  9e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  35.17 
 
 		 352 aa  162  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  31.54 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.05 
 
 		 345 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0580  putative GTP-binding protein YjiA  35.69 
 
 		 320 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  33.53 
 
 		 324 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  34.3 
 
 		 320 aa  160  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  36.09 
 
 		 337 aa  160  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4572  putative GTP-binding protein YjiA  35.34 
 
 		 318 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  30.05 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4878  putative GTP-binding protein YjiA  35.34 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  32.18 
 
 		 353 aa  159  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 335 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2767  cobalamin synthesis protein P47K  40.83 
 
 		 369 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  36.48 
 
 		 343 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4783  putative GTP-binding protein YjiA  36.49 
 
 		 318 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.120567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4857  putative GTP-binding protein YjiA  36.49 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  33.07 
 
 		 384 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  34.88 
 
 		 323 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  33.14 
 
 		 350 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  32.95 
 
 		 349 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4884  putative GTP-binding protein YjiA  36.49 
 
 		 318 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04218  predicted GTPase  35.06 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4944  putative GTP-binding protein YjiA  35.06 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  31.38 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3714  putative GTP-binding protein YjiA  35.06 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4892  putative GTP-binding protein YjiA  35.06 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04184  hypothetical protein  35.06 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4943  putative GTP-binding protein YjiA  36.49 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.715992 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5864  putative GTP-binding protein YjiA  35.06 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3645  cobalamin synthesis protein P47K  35.06 
 
 		 318 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0960  putative GTP-binding protein YjiA  35.65 
 
 		 320 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  32.84 
 
 		 320 aa  157  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  33.14 
 
 		 320 aa  156  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4936  putative GTP-binding protein YjiA  36.21 
 
 		 318 aa  156  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.518194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  31.9 
 
 		 346 aa  156  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>