More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3439 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 351 aa  719    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  82.95 
 
 		 350 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  83.62 
 
 		 352 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  77.15 
 
 		 384 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  81.59 
 
 		 349 aa  553  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  80.17 
 
 		 359 aa  550  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  81.71 
 
 		 347 aa  544  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  78.93 
 
 		 356 aa  541  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3684  cobalamin synthesis protein, P47K  74.93 
 
 		 369 aa  535  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2994  cobalamin synthesis protein P47K  74.34 
 
 		 372 aa  533  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  75.86 
 
 		 343 aa  514  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  64.85 
 
 		 363 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  65.25 
 
 		 387 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  63.2 
 
 		 359 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  65.92 
 
 		 359 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  65.74 
 
 		 395 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  65.83 
 
 		 393 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  65.92 
 
 		 359 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  65.83 
 
 		 393 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  63.84 
 
 		 362 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  63.43 
 
 		 362 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3135  cobalamin synthesis protein, P47K  66.2 
 
 		 388 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.470512  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  63.23 
 
 		 362 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2918  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0872325  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3256  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162964  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  62.99 
 
 		 357 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3430  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0205  CobW/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.338794  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0389  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0193  CobW/P47K family protein  65.07 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.294373  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  62.4 
 
 		 362 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0168  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  64.97 
 
 		 357 aa  426  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  62.22 
 
 		 363 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  61.65 
 
 		 352 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  61.76 
 
 		 353 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  52.57 
 
 		 328 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  44.96 
 
 		 350 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  45.06 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40980  Cobalamin synthesis protein  46.29 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  41.09 
 
 		 319 aa  276  4e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  44.48 
 
 		 325 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  44.8 
 
 		 325 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4271  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  44.35 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  44.48 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.8 
 
 		 316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4636  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.1 
 
 		 325 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.8 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.8 
 
 		 316 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  40.52 
 
 		 316 aa  273  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  44.09 
 
 		 323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  43.27 
 
 		 349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5244  hypothetical protein  44.09 
 
 		 334 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536165  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.52 
 
 		 316 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  40.52 
 
 		 319 aa  272  6e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.23 
 
 		 316 aa  272  7e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  42.7 
 
 		 404 aa  272  8.000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.52 
 
 		 316 aa  271  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.94 
 
 		 316 aa  270  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  40.23 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  42.9 
 
 		 353 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  42.78 
 
 		 353 aa  268  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60920  hypothetical protein  43.52 
 
 		 334 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  41.83 
 
 		 347 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.57 
 
 		 345 aa  265  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  41.45 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2842  cobalamin synthesis protein, P47K  42.11 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  39.88 
 
 		 335 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  41.69 
 
 		 355 aa  262  6.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  40.41 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  40.92 
 
 		 350 aa  260  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  39.71 
 
 		 323 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  43.64 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  41.57 
 
 		 364 aa  255  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3224  putative GTP-binding protein YjiA  42.56 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0778191  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  40 
 
 		 361 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1091  putative GTP-binding protein YjiA  42.56 
 
 		 328 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  41.57 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3663  cobalamin synthesis protein P47K  42.3 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.234992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  39.88 
 
 		 329 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  40.9 
 
 		 394 aa  252  8.000000000000001e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  40.35 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  39.94 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  39.94 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  38.18 
 
 		 323 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  38.18 
 
 		 323 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  38.86 
 
 		 323 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  39.48 
 
 		 323 aa  248  9e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  39 
 
 		 358 aa  248  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  40.57 
 
 		 355 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.94 
 
 		 374 aa  245  9e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0580  putative GTP-binding protein YjiA  41.18 
 
 		 320 aa  245  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  37.64 
 
 		 320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1373  cobalamin synthesis protein P47K  40.68 
 
 		 393 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  38 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  39.17 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1188  cobalamin synthesis protein P47K  39.17 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0038044  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  38.96 
 
 		 367 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0962  putative GTP-binding protein YjiA  41 
 
 		 322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.177818  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0960  putative GTP-binding protein YjiA  41.25 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>