More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4060 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4060  hypothetical protein  100 
 
 		 395 aa  792    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3607  cobalamin synthesis protein P47K  66.75 
 
 		 394 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2571  cobalamin synthesis protein P47K  65.28 
 
 		 382 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0868503  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3895  cobalamin synthesis protein P47K  63.78 
 
 		 391 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307533 
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  56.15 
 
 		 390 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  55.64 
 
 		 386 aa  433  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0903  cobalamin synthesis protein P47K  56.41 
 
 		 382 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1368  cobalamin synthesis protein P47K  48.7 
 
 		 408 aa  352  7e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.389271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2384  cobalamin synthesis protein P47K  48.56 
 
 		 364 aa  349  5e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00979398  hitchhiker  0.00264822 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  47.55 
 
 		 390 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0359  cobalamin synthesis protein P47K  49.07 
 
 		 387 aa  332  9e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1380  cobalamin synthesis protein P47K  51.96 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1159  cobalamin synthesis protein P47K  52.22 
 
 		 375 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5439  cobalamin synthesis protein P47K  50.91 
 
 		 367 aa  305  6e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0231  cobalamin synthesis protein P47K  51.44 
 
 		 377 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  normal  0.0246685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1611  cobalamin synthesis protein/P47K  47.24 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3058  cobalamin synthesis protein, P47K  43.49 
 
 		 350 aa  285  7e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408914  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0507  cobalamin synthesis protein P47K  40.76 
 
 		 377 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11430  cobalamin biosynthesis CobW-like domain protein  40 
 
 		 417 aa  250  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.717633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4357  cobalamin synthesis protein, P47K  39.62 
 
 		 419 aa  246  6e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2744  cobalamin synthesis protein, P47K  38.4 
 
 		 328 aa  243  5e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2534  cobW protein  39.02 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.132259  normal  0.646517 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1230  cobalamin synthesis protein, P47K  36.01 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.312902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4198  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  36.44 
 
 		 335 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6056  cobalamin synthesis protein P47K  38.2 
 
 		 345 aa  229  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0557  cobalamin synthesis protein P47K  37.22 
 
 		 470 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3932  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  36.78 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134364 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1331  cobalamin synthesis protein, P47K  38.4 
 
 		 366 aa  226  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1001  cobalamin synthesis protein, P47K  39.04 
 
 		 337 aa  224  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5629  cobalamin synthesis protein P47K  36.46 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.431844  normal  0.176187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1219  cobalamin synthesis protein P47K  60.67 
 
 		 366 aa  216  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.338424 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1336  cobalamin synthesis protein P47K  38.59 
 
 		 407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1160  cobalamin synthesis protein, P47K  34.73 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3179  cobalamin synthesis protein, P47K  37.25 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  0.0623064 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5645  cobalamin synthesis protein P47K  35.97 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2088  cobalamin synthesis protein P47K  36.34 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0467724 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1229  cobalamin synthesis protein, P47K  34.45 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  38.25 
 
 		 363 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  34.54 
 
 		 384 aa  193  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  35.18 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  34.44 
 
 		 320 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  36 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  33.98 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  34.54 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  35.07 
 
 		 362 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  35.79 
 
 		 349 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  35.28 
 
 		 347 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  35.97 
 
 		 353 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  34.71 
 
 		 353 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  35.93 
 
 		 350 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  32.97 
 
 		 326 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  38.06 
 
 		 362 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  33.9 
 
 		 350 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  32.86 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2035  cobalamin synthesis protein P47K  35.76 
 
 		 331 aa  181  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5884  hypothetical protein  48.92 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  34.36 
 
 		 361 aa  180  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  35.65 
 
 		 353 aa  180  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2842  cobalamin synthesis protein, P47K  35 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  48.37 
 
 		 372 aa  178  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  34.35 
 
 		 345 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  36 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  32.87 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  34.7 
 
 		 358 aa  176  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1373  cobalamin synthesis protein P47K  35.13 
 
 		 393 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  29.05 
 
 		 316 aa  176  9e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  33.61 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  28.77 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  29.13 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  31.52 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  34.68 
 
 		 374 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  28.77 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  28.77 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  38.71 
 
 		 363 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  28.77 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  28.77 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  27.9 
 
 		 319 aa  172  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  27.9 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  35.28 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  29.56 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  28.21 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  35 
 
 		 360 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  34.06 
 
 		 367 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  35.94 
 
 		 352 aa  169  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_3375  predicted protein  32.91 
 
 		 388 aa  168  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  33.52 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  30.89 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  30.89 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1188  cobalamin synthesis protein P47K  29.86 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0038044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  33.9 
 
 		 349 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1044  cobalamin synthesis protein/P47K  41.83 
 
 		 449 aa  166  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  33.06 
 
 		 364 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  35.33 
 
 		 359 aa  166  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 328 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  31.49 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 328 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  41.35 
 
 		 449 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.593368  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  34.42 
 
 		 365 aa  166  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  37.39 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  33.33 
 
 		 347 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>