More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0955 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0955  4-phytase  100 
 
 
534 aa  1105    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00228685  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0960  extracellular solute-binding protein family 5  46.89 
 
 
547 aa  459  9.999999999999999e-129  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  31.54 
 
 
540 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
540 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  31.28 
 
 
540 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
538 aa  167  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 
544 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  29.1 
 
 
531 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
532 aa  163  6e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
531 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
538 aa  159  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 
535 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5167  4-phytase  28.19 
 
 
530 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.978534  normal  0.719428 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  27.45 
 
 
535 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.45 
 
 
535 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  27.45 
 
 
535 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27 
 
 
544 aa  151  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  27.15 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0418  extracellular solute-binding protein family 5  33.24 
 
 
622 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.96 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.96 
 
 
535 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.42 
 
 
534 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.42 
 
 
526 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.42 
 
 
526 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.42 
 
 
526 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.42 
 
 
526 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.62 
 
 
520 aa  146  9e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.2 
 
 
526 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
533 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
531 aa  145  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 
535 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
509 aa  144  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  25.69 
 
 
535 aa  143  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
535 aa  143  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  26.05 
 
 
545 aa  141  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.37 
 
 
535 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0334  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
541 aa  140  7.999999999999999e-32  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.768653  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
535 aa  138  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.1 
 
 
515 aa  137  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.72 
 
 
541 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.45 
 
 
532 aa  137  6.0000000000000005e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0180  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.22 
 
 
529 aa  136  8e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  27.7 
 
 
562 aa  136  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1328  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
534 aa  136  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
515 aa  136  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  28.67 
 
 
504 aa  136  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  25.95 
 
 
532 aa  136  9.999999999999999e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
549 aa  135  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.19 
 
 
566 aa  134  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1569  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 
534 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.199164  normal  0.0577205 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6676  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 
539 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479975  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B15  oligopeptide ABC transporter OppAIV  24.95 
 
 
530 aa  134  5e-30  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.470524  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
506 aa  134  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  25.72 
 
 
520 aa  134  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 
556 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0699  extracellular solute-binding protein family 5  24.36 
 
 
590 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 
531 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
545 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_932  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  31.67 
 
 
558 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000268358  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  25.58 
 
 
531 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 
545 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0177  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.49 
 
 
529 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.584873  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
530 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.5 
 
 
505 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  24.74 
 
 
533 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.86 
 
 
545 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  25.26 
 
 
516 aa  131  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  23.77 
 
 
524 aa  131  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.7 
 
 
503 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
505 aa  131  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
503 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  25.14 
 
 
556 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0586  extracellular solute-binding protein family 5  26.19 
 
 
544 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  24.74 
 
 
531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2411  extracellular solute-binding protein family 5  25.48 
 
 
531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334082  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  27.05 
 
 
543 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4335  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
526 aa  130  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.83307  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  24.54 
 
 
547 aa  130  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
528 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 
495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 
543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3842  extracellular solute-binding protein family 5  25.51 
 
 
535 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 
543 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 
543 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3598  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 
525 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000427863  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  24.71 
 
 
531 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 
543 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2742  extracellular solute-binding protein family 5  24.34 
 
 
541 aa  128  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.77 
 
 
504 aa  128  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19540  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.35 
 
 
567 aa  128  3e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.394832  normal  0.058637 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.73 
 
 
512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0468  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.41 
 
 
525 aa  127  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
512 aa  127  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
549 aa  127  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>