More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3066 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
547 aa  1107    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  54.44 
 
 
532 aa  571  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  48.86 
 
 
534 aa  520  1e-146  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  44.55 
 
 
552 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  47.79 
 
 
544 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  46.55 
 
 
544 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  45.3 
 
 
525 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  45.3 
 
 
525 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  47.79 
 
 
544 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  46.36 
 
 
544 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  46.36 
 
 
544 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  45.3 
 
 
515 aa  442  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  44.89 
 
 
510 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  42.46 
 
 
544 aa  436  1e-121  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  43.8 
 
 
549 aa  424  1e-117  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  41.44 
 
 
512 aa  422  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
569 aa  413  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  41.32 
 
 
533 aa  392  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  39.57 
 
 
546 aa  384  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  36.24 
 
 
542 aa  364  2e-99  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  36.91 
 
 
541 aa  348  2e-94  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2550  extracellular solute-binding protein family 5  36.29 
 
 
523 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00133049  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  32.41 
 
 
542 aa  294  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  34.92 
 
 
518 aa  236  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  32.71 
 
 
509 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  32.85 
 
 
526 aa  194  5e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  32.31 
 
 
528 aa  192  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  32.37 
 
 
525 aa  192  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  32 
 
 
519 aa  189  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.31 
 
 
548 aa  181  4e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 
532 aa  169  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 
557 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.86 
 
 
538 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
551 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.76 
 
 
540 aa  147  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.57 
 
 
511 aa  147  5e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.81 
 
 
516 aa  144  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.77 
 
 
511 aa  143  7e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  27.61 
 
 
546 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
539 aa  141  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.07 
 
 
575 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.73 
 
 
520 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.93 
 
 
542 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.26 
 
 
559 aa  140  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.26 
 
 
555 aa  140  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.07 
 
 
575 aa  140  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.47 
 
 
576 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
565 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  24.75 
 
 
510 aa  139  1e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.07 
 
 
575 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
538 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.28 
 
 
505 aa  137  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
540 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
575 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  28.46 
 
 
527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  28.42 
 
 
529 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.87 
 
 
511 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.97 
 
 
516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  28.03 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.35 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.35 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  28.64 
 
 
534 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.35 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  30.23 
 
 
532 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  28.35 
 
 
512 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 
559 aa  131  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 
533 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  25.32 
 
 
575 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
575 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
544 aa  130  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  28.8 
 
 
516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.8 
 
 
516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
520 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  28.8 
 
 
516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  26.7 
 
 
575 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.8 
 
 
516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 
516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
593 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 
549 aa  127  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 
520 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 
631 aa  127  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 
520 aa  127  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  28.1 
 
 
563 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 
529 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  28.67 
 
 
509 aa  126  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  27.48 
 
 
562 aa  126  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.6 
 
 
516 aa  126  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.1 
 
 
575 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.84 
 
 
524 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 
532 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
534 aa  124  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.07 
 
 
510 aa  124  4e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
512 aa  124  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 
532 aa  124  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
575 aa  124  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 
520 aa  124  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.16 
 
 
512 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 
618 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
512 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>