More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5787 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 322 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 300 aa  298  8e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.1 
 
 		 299 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 299 aa  275  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  48.81 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 301 aa  251  8.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 305 aa  248  8e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 355 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 367 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  44.97 
 
 		 367 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 351 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  41.22 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 362 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 353 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 349 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  235  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 306 aa  235  8e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 349 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.25 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 349 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.83 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.57 
 
 		 293 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 310 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 334 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 313 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  41.24 
 
 		 312 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.27 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.26 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 306 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>