More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1993 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  45.31 
 
 		 352 aa  248  7e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  44.16 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  46.29 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  41.64 
 
 		 346 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  42.53 
 
 		 345 aa  223  4e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  50.9 
 
 		 330 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  42.63 
 
 		 334 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  44.55 
 
 		 352 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  44.55 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  51.79 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  41.4 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  45.4 
 
 		 434 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  41.08 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 338 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  45.11 
 
 		 354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  40.68 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  40.58 
 
 		 324 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  40.45 
 
 		 326 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  48.18 
 
 		 322 aa  211  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  45.28 
 
 		 353 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  40 
 
 		 338 aa  205  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  37.97 
 
 		 353 aa  204  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  43.17 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 370 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  37.19 
 
 		 354 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  40.52 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  38.15 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  42.02 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  39.87 
 
 		 372 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  39.54 
 
 		 372 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  39.16 
 
 		 381 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  38.87 
 
 		 342 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  43.17 
 
 		 315 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  36.22 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  32.63 
 
 		 359 aa  172  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  38.17 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  38.91 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  33.94 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  35.29 
 
 		 355 aa  159  7e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  32.81 
 
 		 425 aa  156  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  28.61 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  153  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  29.34 
 
 		 349 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  32.81 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  42.57 
 
 		 232 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  28.79 
 
 		 356 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  28.82 
 
 		 356 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  39.9 
 
 		 235 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  37.09 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3098  QoxB, quinol oxidase subunit II  40.7 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  33.04 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  32.91 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  31.54 
 
 		 350 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  39.32 
 
 		 244 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  29.77 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  31.4 
 
 		 351 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  31.12 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3825  cytochrome c oxidase, subunit II  41.44 
 
 		 189 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  31.12 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3668  cytochrome-c oxidase  38.69 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.253259  normal  0.882679 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30.28 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  31.28 
 
 		 318 aa  108  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  30.36 
 
 		 405 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  29.62 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  37.02 
 
 		 394 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  28.39 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  27.24 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  28.16 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  28 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  27.65 
 
 		 384 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  26.21 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0511  cytochrome c oxidase subunit II  33.48 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.263206  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  27.73 
 
 		 382 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  35.14 
 
 		 337 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  27.18 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  32.21 
 
 		 344 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  28.89 
 
 		 426 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  28.75 
 
 		 399 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  37.41 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  29.91 
 
 		 382 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  29.91 
 
 		 382 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  29.66 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  28.57 
 
 		 329 aa  99.8  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  27.45 
 
 		 382 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  28 
 
 		 384 aa  99.4  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  34.98 
 
 		 337 aa  99.4  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  34.98 
 
 		 337 aa  99.4  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  31.28 
 
 		 362 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  29.44 
 
 		 444 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  32.8 
 
 		 524 aa  97.1  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>