More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06651 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  640    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  93.14 
 
 		 307 aa  597  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 313 aa  483  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 310 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 302 aa  285  8e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  43.54 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.09 
 
 		 307 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 307 aa  256  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 310 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 319 aa  249  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 296 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 308 aa  248  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 308 aa  248  7e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  42.19 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 305 aa  247  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 309 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 307 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 296 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  38.57 
 
 		 319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 327 aa  232  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 323 aa  232  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 327 aa  232  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  36.18 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  37.93 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  36.3 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 325 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 325 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  203  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 324 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 331 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  34.59 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 555 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 333 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>