69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2121 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2121  hypothetical protein  100 
 
 		 162 aa  334  3.9999999999999995e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.769455  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.01 
 
 		 196 aa  85.5  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.57 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.23 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.33 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.14 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.35 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  35.77 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.86 
 
 		 246 aa  67  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.05 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.19 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.63 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.81 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3577  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.58 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1448  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.15 
 
 		 205 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.248781  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1543  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.15 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.207152  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.17 
 
 		 208 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0377952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.79 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.6 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5983  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.96 
 
 		 200 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0142297  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2415  sigma-24 (FecI-like)  36.76 
 
 		 205 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.164078  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.37 
 
 		 186 aa  49.7  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10220  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30 
 
 		 167 aa  48.9  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.400927  hitchhiker  0.000000497289 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3493  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.55 
 
 		 200 aa  47.8  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0610875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.76 
 
 		 191 aa  47.8  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 		 239 aa  47.8  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.403353  normal  0.121928 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1448  sigma factor RpoE (sigma 24)  22.31 
 
 		 187 aa  47.4  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.37 
 
 		 179 aa  47.4  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0409  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.95 
 
 		 205 aa  47.4  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.36 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 247 aa  46.2  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.06 
 
 		 219 aa  45.8  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3502  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31 
 
 		 188 aa  45.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000695897  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.77 
 
 		 192 aa  45.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 		 216 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.74 
 
 		 202 aa  44.7  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 		 174 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14647  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1535  sigma factor RpoE (sigma 24)  22.31 
 
 		 187 aa  43.9  0.0008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4745  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.1 
 
 		 202 aa  44.3  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000041235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.77 
 
 		 185 aa  44.3  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6420  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.8 
 
 		 174 aa  43.9  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.562422 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.6 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.392013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.81 
 
 		 186 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 		 190 aa  43.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  28.85 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  24.2 
 
 		 192 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 		 230 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.16 
 
 		 193 aa  43.1  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2091  RNA polymerase sigma factor SigX  27.43 
 
 		 196 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133508  normal  0.223352 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0455  sigma subunit sigma24 -like protein  29.37 
 
 		 236 aa  42.4  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.64 
 
 		 192 aa  42.4  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.94 
 
 		 201 aa  42.4  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.64 
 
 		 192 aa  42.4  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.13 
 
 		 202 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0794  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.25 
 
 		 228 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  25 
 
 		 192 aa  41.6  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23320  RNA polymerase sigma factor SigX  24.74 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853625  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 		 196 aa  41.6  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.909527 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0862  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.49 
 
 		 580 aa  41.2  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.4 
 
 		 203 aa  41.2  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.91 
 
 		 189 aa  41.2  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.95 
 
 		 206 aa  41.2  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.64 
 
 		 192 aa  40.8  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.83 
 
 		 187 aa  40.8  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  29.63 
 
 		 204 aa  40.8  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.65 
 
 		 208 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  24.65 
 
 		 208 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.2 
 
 		 283 aa  40.4  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>