More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0271 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0271  30S ribosomal protein S5  100 
 
 		 187 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228264  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0608  30S ribosomal protein S5  90.96 
 
 		 197 aa  307  5e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0302  30S ribosomal protein S5  88.7 
 
 		 191 aa  300  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440819 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0776  30S ribosomal protein S5  87.57 
 
 		 188 aa  296  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0981589  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1732  30S ribosomal protein S5  86.98 
 
 		 187 aa  291  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726866  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0378  30S ribosomal protein S5  86.98 
 
 		 187 aa  291  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.516384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2517  30S ribosomal protein S5  86.39 
 
 		 187 aa  289  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2753  ribosomal protein S5  75.27 
 
 		 186 aa  274  5e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3085  normal  0.221046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3431  30S ribosomal protein S5  70.43 
 
 		 190 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.211149  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5053  30S ribosomal protein S5  68.82 
 
 		 190 aa  254  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1925  30S ribosomal protein S5  73.37 
 
 		 191 aa  254  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0563  30S ribosomal protein S5  71.04 
 
 		 189 aa  253  9e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2147  30S ribosomal protein S5  74.25 
 
 		 192 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2462  30S ribosomal protein S5  74.25 
 
 		 192 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4781  30S ribosomal protein S5  74.1 
 
 		 185 aa  253  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.694187  hitchhiker  0.00000059117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2184  30S ribosomal protein S5  74.25 
 
 		 192 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357702 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1778  30S ribosomal protein S5  70.69 
 
 		 201 aa  253  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0732859  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2201  30S ribosomal protein S5  73.65 
 
 		 195 aa  251  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1562  30S ribosomal protein S5  73.37 
 
 		 190 aa  251  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.205213  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1381  30S ribosomal protein S5  73.21 
 
 		 191 aa  251  6e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.644809  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0336  30S ribosomal protein S5  72.19 
 
 		 192 aa  249  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1003  30S ribosomal protein S5  66.67 
 
 		 189 aa  248  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0840798  decreased coverage  0.00550147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1859  30S ribosomal protein S5  68.93 
 
 		 189 aa  248  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451556  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1973  30S ribosomal protein S5  65.59 
 
 		 186 aa  248  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00407796  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1447  30S ribosomal protein S5  66.49 
 
 		 189 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1371  30S ribosomal protein S5  72.78 
 
 		 189 aa  247  6e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.868887  normal  0.133817 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1349  30S ribosomal protein S5  66.49 
 
 		 189 aa  247  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000960578  normal  0.199719 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1929  30S ribosomal protein S5  76.36 
 
 		 189 aa  247  7e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3650  30S ribosomal protein S5  73.21 
 
 		 191 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2312  30S ribosomal protein S5  72.02 
 
 		 191 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.324963  normal  0.444592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3167  30S ribosomal protein S5  71.43 
 
 		 191 aa  244  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.380109  normal  0.459785 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2983  30S ribosomal protein S5  72.22 
 
 		 192 aa  240  7e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.394302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1631  30S ribosomal protein S5  65.93 
 
 		 201 aa  241  7e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339895  normal  0.120123 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0715  30S ribosomal protein S5  65.19 
 
 		 189 aa  240  7e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.128922  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1661  30S ribosomal protein S5  69.05 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.115923  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2671  30S ribosomal protein S5  70.12 
 
 		 199 aa  237  9e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.390109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1216  30S ribosomal protein S5  68.26 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1179  30S ribosomal protein S5  67.66 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.139582  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1266  30S ribosomal protein S5  78.34 
 
 		 237 aa  231  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0807868  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1336  30S ribosomal protein S5  72.67 
 
 		 239 aa  230  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2801  30S ribosomal protein S5  73.25 
 
 		 242 aa  226  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.481619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1039  30S ribosomal protein S5  61.69 
 
 		 173 aa  199  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0245561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2822  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137287  normal  0.25953 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0337  30S ribosomal protein S5  57.23 
 
 		 172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0478966  hitchhiker  0.00120208 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3002  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  198  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.214721  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3300  30S ribosomal protein S5  60.39 
 
 		 172 aa  198  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3162  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  198  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.02216  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0331  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3627  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  197  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000356902  hitchhiker  0.0000000000160734 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0344  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.023774  normal  0.0422128 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2742  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0188185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0284  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117552  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0293  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000423701  normal  0.0414454 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0365  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2615  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.052569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3759  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0375867  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3152  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0293332  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0266  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118791  hitchhiker  0.0081122 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3729  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00614597  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3787  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.773313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3495  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1941  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  197  9e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337273  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3051  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 		 172 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0155994  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0390  30S ribosomal protein S5  60.39 
 
 		 173 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00152796  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0398  30S ribosomal protein S5  60.39 
 
 		 173 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2933  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000097006 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3280  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00328937  hitchhiker  0.0000684502 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3464  30S ribosomal protein S5  58.44 
 
 		 172 aa  195  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267646  normal  0.0371853 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0864  SSU ribosomal protein S5P  56.55 
 
 		 177 aa  193  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0107209  hitchhiker  0.00625642 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0492  30S ribosomal protein S5  54.82 
 
 		 172 aa  192  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.166117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3321  30S ribosomal protein S5  53.71 
 
 		 174 aa  192  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00131629  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5053  30S ribosomal protein S5  57.83 
 
 		 172 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106855  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2308  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 172 aa  191  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0837042  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4226  30S ribosomal protein S5  57.79 
 
 		 174 aa  191  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793595  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0070  30S ribosomal protein S5  54.27 
 
 		 172 aa  191  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.068486  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0067  30S ribosomal protein S5  54.88 
 
 		 169 aa  191  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00817055  hitchhiker  0.00000000000110208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0618  30S ribosomal protein S5  58.44 
 
 		 172 aa  190  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.442649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0514  30S ribosomal protein S5  54.39 
 
 		 176 aa  187  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0137335  unclonable  0.0000000000177209 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0344  30S ribosomal protein S5  54.39 
 
 		 176 aa  187  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.327612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3426  30S ribosomal protein S5  57.14 
 
 		 172 aa  187  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.19701 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0340  ribosomal protein S5  55.97 
 
 		 171 aa  186  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000051388  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0128  30S ribosomal protein S5  55.76 
 
 		 166 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0336  30S ribosomal protein S5  53.45 
 
 		 175 aa  185  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000198476  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2152  ribosomal protein S5  57.5 
 
 		 168 aa  185  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0472409  normal  0.352454 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0124  30S ribosomal protein S5  55.76 
 
 		 166 aa  184  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2316  ribosomal protein S5  54.88 
 
 		 167 aa  184  9e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2307  30S ribosomal protein S5  56.1 
 
 		 170 aa  183  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000194348  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0121  30S ribosomal protein S5  55.76 
 
 		 166 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2694  ribosomal protein S5  56.69 
 
 		 164 aa  182  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0127  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00181316  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0127  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000033601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0123  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000320585  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0121  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000828927  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0127  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0304335  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0232  30S ribosomal protein S5  56.05 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5178  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000595354  unclonable  1.58877e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0139  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.93712e-62 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0077  30S ribosomal protein S5  57.76 
 
 		 166 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0793538  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0158  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000826666  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0148  30S ribosomal protein S5  57.96 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000129671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>