More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0492 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0492  30S ribosomal protein S5  100 
 
 
172 aa  347  6e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.166117  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0337  30S ribosomal protein S5  97.09 
 
 
172 aa  338  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0478966  hitchhiker  0.00120208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5053  30S ribosomal protein S5  85.96 
 
 
172 aa  308  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106855  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0390  30S ribosomal protein S5  88.89 
 
 
173 aa  306  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00152796  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0398  30S ribosomal protein S5  88.89 
 
 
173 aa  306  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274021  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2308  30S ribosomal protein S5  87.72 
 
 
172 aa  302  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0837042  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1039  30S ribosomal protein S5  85.38 
 
 
173 aa  294  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0245561  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0618  30S ribosomal protein S5  84.8 
 
 
172 aa  293  7e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.442649  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4226  30S ribosomal protein S5  82.66 
 
 
174 aa  290  5e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793595  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3162  30S ribosomal protein S5  76.74 
 
 
172 aa  274  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.02216  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3002  30S ribosomal protein S5  77.33 
 
 
172 aa  272  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.214721  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3300  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  271  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3426  30S ribosomal protein S5  78.95 
 
 
172 aa  270  6e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.19701 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3152  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0293332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3280  30S ribosomal protein S5  76.16 
 
 
172 aa  267  4e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00328937  hitchhiker  0.0000684502 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2615  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.052569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3759  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0375867  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0266  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118791  hitchhiker  0.0081122 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3495  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3787  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.773313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1941  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337273  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2933  30S ribosomal protein S5  76.16 
 
 
172 aa  267  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000097006 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3729  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00614597  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3051  30S ribosomal protein S5  75.58 
 
 
172 aa  267  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0155994  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3464  30S ribosomal protein S5  75 
 
 
172 aa  266  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267646  normal  0.0371853 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2822  30S ribosomal protein S5  75 
 
 
172 aa  266  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137287  normal  0.25953 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0344  30S ribosomal protein S5  74.42 
 
 
172 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.023774  normal  0.0422128 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2742  30S ribosomal protein S5  74.42 
 
 
172 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0188185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0284  30S ribosomal protein S5  74.42 
 
 
172 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0365  30S ribosomal protein S5  74.42 
 
 
172 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0293  30S ribosomal protein S5  74.42 
 
 
172 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000423701  normal  0.0414454 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3627  30S ribosomal protein S5  75 
 
 
172 aa  264  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000356902  hitchhiker  0.0000000000160734 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0331  30S ribosomal protein S5  74.42 
 
 
172 aa  264  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0070  30S ribosomal protein S5  73.84 
 
 
172 aa  264  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.068486  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3932  30S ribosomal protein S5  73.1 
 
 
172 aa  259  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0067  30S ribosomal protein S5  72.78 
 
 
169 aa  258  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00817055  hitchhiker  0.00000000000110208 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3321  30S ribosomal protein S5  73.56 
 
 
174 aa  256  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00131629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0336  30S ribosomal protein S5  72.73 
 
 
175 aa  248  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000198476  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0422  30S ribosomal protein S5  70.66 
 
 
171 aa  213  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.287425  normal  0.230191 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0784  30S ribosomal protein S5  70.06 
 
 
180 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000225838  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  61.05 
 
 
168 aa  208  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259388  unclonable  0.00000856318 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0201  30S ribosomal protein S5  61.05 
 
 
168 aa  207  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549797  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  60.47 
 
 
168 aa  207  8e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  59.88 
 
 
167 aa  205  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000220088  unclonable  0.0000000000604487 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0248  30S ribosomal protein S5  59.88 
 
 
167 aa  204  6e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0216  30S ribosomal protein S5  59.88 
 
 
167 aa  204  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000901319  unclonable  0.0000000000154128 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0211  30S ribosomal protein S5  59.88 
 
 
167 aa  204  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0010203  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0216  30S ribosomal protein S5  59.88 
 
 
167 aa  204  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000281151  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3742  30S ribosomal protein S5  59.3 
 
 
167 aa  203  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000003426  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0340  ribosomal protein S5  58.08 
 
 
171 aa  202  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000051388  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  59.3 
 
 
167 aa  203  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000490298  decreased coverage  0.0000558993 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  202  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  64.1 
 
 
167 aa  202  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0187  30S ribosomal protein S5  58.72 
 
 
167 aa  202  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820766  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0165  30S ribosomal protein S5  58.72 
 
 
167 aa  202  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000786846  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000185577  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0653825 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000313723  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  0.00000284656 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204497  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
167 aa  201  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3805  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
166 aa  201  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000511085  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3984  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 
166 aa  201  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183647  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0217  30S ribosomal protein S5  58.72 
 
 
167 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000106861  hitchhiker  0.000109901 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4153  30S ribosomal protein S5  58.72 
 
 
167 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000035229  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0213  30S ribosomal protein S5  58.72 
 
 
167 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000121956  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4039  30S ribosomal protein S5  58.72 
 
 
167 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000362616  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0340  30S ribosomal protein S5  63.46 
 
 
166 aa  199  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000106255  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  63.46 
 
 
166 aa  199  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3734  30S ribosomal protein S5  63.46 
 
 
166 aa  199  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000123332  decreased coverage  0.00107093 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00747  30S ribosomal protein S5  58.82 
 
 
167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0976  30S ribosomal protein S5  57.14 
 
 
170 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0109709  hitchhiker  0.0000385854 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001725  SSU ribosomal protein S5p (S2e)  58.82 
 
 
167 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000199413  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0077  30S ribosomal protein S5  61.54 
 
 
166 aa  198  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0793538  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0296  30S ribosomal protein S5  68.02 
 
 
169 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000523035  hitchhiker  0.00000224205 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3507  30S ribosomal protein S5  57.56 
 
 
167 aa  198  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000462246  hitchhiker  0.0000000928534 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0608  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 
197 aa  197  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424866  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1006  30S ribosomal protein S5  56.98 
 
 
167 aa  197  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00241211  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0475  30S ribosomal protein S5  58.18 
 
 
166 aa  197  7.999999999999999e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2152  ribosomal protein S5  59.39 
 
 
168 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0472409  normal  0.352454 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3897  30S ribosomal protein S5  62.82 
 
 
167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000777438  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0300  30S ribosomal protein S5  62.82 
 
 
167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000391785  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0600  30S ribosomal protein S5  62.82 
 
 
167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155795  normal  0.912114 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0438  30S ribosomal protein S5  58.18 
 
 
166 aa  195  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0839334  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2157  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 
167 aa  194  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2753  ribosomal protein S5  56.9 
 
 
186 aa  194  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3085  normal  0.221046 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4527  30S ribosomal protein S5  62.18 
 
 
167 aa  194  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000233492  hitchhiker  0.000167424 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0302  30S ribosomal protein S5  59.09 
 
 
191 aa  194  7e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.440819 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00955  30S ribosomal protein S5  57.58 
 
 
166 aa  193  8.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.136647  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0506  30S ribosomal protein S5  55.42 
 
 
171 aa  192  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00232131  hitchhiker  0.00336065 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0501  30S ribosomal protein S5  55.42 
 
 
171 aa  192  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000846661  normal  0.0709882 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0514  30S ribosomal protein S5  58.08 
 
 
176 aa  192  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0137335  unclonable  0.0000000000177209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4732  30S ribosomal protein S5  60.76 
 
 
166 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000128716  normal  0.628759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0501  30S ribosomal protein S5  60.76 
 
 
166 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000260695  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>