More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5053 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5053  30S ribosomal protein S5  100 
 
 		 172 aa  344  3e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106855  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0492  30S ribosomal protein S5  85.96 
 
 		 172 aa  308  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.166117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0337  30S ribosomal protein S5  86.55 
 
 		 172 aa  306  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0478966  hitchhiker  0.00120208 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0390  30S ribosomal protein S5  84.88 
 
 		 173 aa  298  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00152796  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0398  30S ribosomal protein S5  84.88 
 
 		 173 aa  298  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2308  30S ribosomal protein S5  83.72 
 
 		 172 aa  295  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0837042  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0618  30S ribosomal protein S5  82.56 
 
 		 172 aa  290  9e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.442649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4226  30S ribosomal protein S5  82.08 
 
 		 174 aa  285  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793595  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1039  30S ribosomal protein S5  81.87 
 
 		 173 aa  285  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0245561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3162  30S ribosomal protein S5  73.1 
 
 		 172 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.02216  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2933  30S ribosomal protein S5  74.27 
 
 		 172 aa  261  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000097006 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3280  30S ribosomal protein S5  74.27 
 
 		 172 aa  261  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00328937  hitchhiker  0.0000684502 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3300  30S ribosomal protein S5  71.93 
 
 		 172 aa  261  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3002  30S ribosomal protein S5  73.68 
 
 		 172 aa  261  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.214721  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3932  30S ribosomal protein S5  73.68 
 
 		 172 aa  258  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1941  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337273  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0266  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118791  hitchhiker  0.0081122 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2615  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.052569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3759  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0375867  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3152  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0293332  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3729  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00614597  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3495  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3787  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.773313  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3426  30S ribosomal protein S5  73.68 
 
 		 172 aa  257  6e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.19701 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3464  30S ribosomal protein S5  70.76 
 
 		 172 aa  257  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267646  normal  0.0371853 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3051  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  256  8e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0155994  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2822  30S ribosomal protein S5  70.76 
 
 		 172 aa  256  9e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137287  normal  0.25953 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0293  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000423701  normal  0.0414454 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0070  30S ribosomal protein S5  71.35 
 
 		 172 aa  255  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.068486  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2742  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0188185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0284  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117552  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0344  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.023774  normal  0.0422128 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0365  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0331  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  254  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3627  30S ribosomal protein S5  70.76 
 
 		 172 aa  254  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000356902  hitchhiker  0.0000000000160734 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0067  30S ribosomal protein S5  70.24 
 
 		 169 aa  249  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00817055  hitchhiker  0.00000000000110208 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0336  30S ribosomal protein S5  71.6 
 
 		 175 aa  243  6e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000198476  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3321  30S ribosomal protein S5  70.52 
 
 		 174 aa  243  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00131629  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0422  30S ribosomal protein S5  71.52 
 
 		 171 aa  209  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.287425  normal  0.230191 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  59.41 
 
 		 168 aa  205  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259388  unclonable  0.00000856318 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0784  30S ribosomal protein S5  68.75 
 
 		 180 aa  204  3e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000225838  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0201  30S ribosomal protein S5  58.82 
 
 		 168 aa  204  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549797  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  58.24 
 
 		 168 aa  202  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 		 167 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000220088  unclonable  0.0000000000604487 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0248  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0608  30S ribosomal protein S5  61.69 
 
 		 197 aa  199  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0216  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000901319  unclonable  0.0000000000154128 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0211  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0010203  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0216  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000281151  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3742  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  198  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000003426  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3507  30S ribosomal protein S5  56.14 
 
 		 167 aa  198  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000462246  hitchhiker  0.0000000928534 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0213  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000121956  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4039  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000362616  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4153  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000035229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0296  30S ribosomal protein S5  67.65 
 
 		 169 aa  197  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000523035  hitchhiker  0.00000224205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0217  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  197  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000106861  hitchhiker  0.000109901 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0187  30S ribosomal protein S5  56.47 
 
 		 167 aa  197  6e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820766  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0165  30S ribosomal protein S5  56.47 
 
 		 167 aa  197  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000786846  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  61.94 
 
 		 167 aa  196  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  59.01 
 
 		 167 aa  197  9e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000490298  decreased coverage  0.0000558993 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117054  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0653825 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000185577  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204497  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0340  ribosomal protein S5  56.97 
 
 		 171 aa  196  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000051388  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  0.00000284656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 167 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000313723  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3984  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 166 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183647  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3805  30S ribosomal protein S5  61.94 
 
 		 166 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000511085  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001725  SSU ribosomal protein S5p (S2e)  58.24 
 
 		 167 aa  195  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000199413  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00747  30S ribosomal protein S5  58.24 
 
 		 167 aa  195  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0340  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 166 aa  194  5.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000106255  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3734  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 166 aa  194  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000123332  decreased coverage  0.00107093 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 166 aa  193  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1006  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 		 167 aa  193  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00241211  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0438  30S ribosomal protein S5  57.14 
 
 		 166 aa  193  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0839334  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0475  30S ribosomal protein S5  59.38 
 
 		 166 aa  192  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2157  30S ribosomal protein S5  57.65 
 
 		 167 aa  193  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232198  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4781  30S ribosomal protein S5  61.44 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.694187  hitchhiker  0.00000059117 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0337  30S ribosomal protein S5  58.18 
 
 		 166 aa  192  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00106169  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2152  ribosomal protein S5  57.58 
 
 		 168 aa  191  4e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0472409  normal  0.352454 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2147  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 192 aa  191  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2462  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 192 aa  191  6e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2184  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 192 aa  191  6e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357702 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0077  30S ribosomal protein S5  59.35 
 
 		 166 aa  190  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0793538  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0302  30S ribosomal protein S5  58.02 
 
 		 191 aa  190  8e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440819 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2753  ribosomal protein S5  57.56 
 
 		 186 aa  189  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3085  normal  0.221046 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2355  30S ribosomal protein S5  58.75 
 
 		 169 aa  189  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105704  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0271  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 187 aa  189  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228264  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2517  30S ribosomal protein S5  59.74 
 
 		 187 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00955  30S ribosomal protein S5  58.82 
 
 		 166 aa  188  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.136647  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0506  30S ribosomal protein S5  52.63 
 
 		 171 aa  188  4e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00232131  hitchhiker  0.00336065 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0501  30S ribosomal protein S5  52.63 
 
 		 171 aa  188  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000846661  normal  0.0709882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>