More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3932 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3932  30S ribosomal protein S5  100 
 
 		 172 aa  343  5e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3426  30S ribosomal protein S5  80.23 
 
 		 172 aa  287  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.19701 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2308  30S ribosomal protein S5  80.7 
 
 		 172 aa  283  5.999999999999999e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0837042  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0390  30S ribosomal protein S5  77.78 
 
 		 173 aa  276  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00152796  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0398  30S ribosomal protein S5  77.78 
 
 		 173 aa  276  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1039  30S ribosomal protein S5  76.61 
 
 		 173 aa  272  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0245561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0618  30S ribosomal protein S5  76.61 
 
 		 172 aa  268  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.442649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0337  30S ribosomal protein S5  73.1 
 
 		 172 aa  261  4.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0478966  hitchhiker  0.00120208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0492  30S ribosomal protein S5  73.1 
 
 		 172 aa  259  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.166117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5053  30S ribosomal protein S5  73.68 
 
 		 172 aa  258  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106855  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3002  30S ribosomal protein S5  70.76 
 
 		 172 aa  258  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.214721  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0070  30S ribosomal protein S5  67.84 
 
 		 172 aa  253  8e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.068486  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2933  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000097006 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3280  30S ribosomal protein S5  70.18 
 
 		 172 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00328937  hitchhiker  0.0000684502 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3162  30S ribosomal protein S5  69.01 
 
 		 172 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.02216  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3300  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  250  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3464  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  248  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267646  normal  0.0371853 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4226  30S ribosomal protein S5  71.1 
 
 		 174 aa  247  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793595  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0067  30S ribosomal protein S5  66.67 
 
 		 169 aa  247  7e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00817055  hitchhiker  0.00000000000110208 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0344  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.023774  normal  0.0422128 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2742  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0188185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0284  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0365  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0293  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000423701  normal  0.0414454 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2615  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.052569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3759  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0375867  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3787  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.773313  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0266  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118791  hitchhiker  0.0081122 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1941  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337273  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3152  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0293332  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3729  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00614597  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3495  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  246  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3051  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  245  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0155994  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2822  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  245  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137287  normal  0.25953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0331  30S ribosomal protein S5  67.84 
 
 		 172 aa  244  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3627  30S ribosomal protein S5  68.42 
 
 		 172 aa  244  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000356902  hitchhiker  0.0000000000160734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0336  30S ribosomal protein S5  67.47 
 
 		 175 aa  234  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000198476  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3321  30S ribosomal protein S5  64.16 
 
 		 174 aa  233  8e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00131629  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0422  30S ribosomal protein S5  67.65 
 
 		 171 aa  206  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.287425  normal  0.230191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4781  30S ribosomal protein S5  62.03 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.694187  hitchhiker  0.00000059117 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 168 aa  197  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  57.93 
 
 		 168 aa  197  6e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259388  unclonable  0.00000856318 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2753  ribosomal protein S5  58.14 
 
 		 186 aa  197  7.999999999999999e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3085  normal  0.221046 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0563  30S ribosomal protein S5  61.39 
 
 		 189 aa  196  9e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0201  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 168 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1973  30S ribosomal protein S5  60.25 
 
 		 186 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00407796  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0976  30S ribosomal protein S5  54.94 
 
 		 170 aa  195  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0109709  hitchhiker  0.0000385854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3431  30S ribosomal protein S5  60.25 
 
 		 190 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.211149  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1859  30S ribosomal protein S5  64.1 
 
 		 189 aa  195  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  55.88 
 
 		 167 aa  195  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000220088  unclonable  0.0000000000604487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1925  30S ribosomal protein S5  62.09 
 
 		 191 aa  194  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0514  30S ribosomal protein S5  57.14 
 
 		 176 aa  194  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0137335  unclonable  0.0000000000177209 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0344  30S ribosomal protein S5  57.14 
 
 		 176 aa  194  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.327612  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2147  30S ribosomal protein S5  62.09 
 
 		 192 aa  194  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2184  30S ribosomal protein S5  62.09 
 
 		 192 aa  194  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2462  30S ribosomal protein S5  62.09 
 
 		 192 aa  194  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1371  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 		 189 aa  192  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.868887  normal  0.133817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0471  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 		 166 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0107379  hitchhiker  0.00000305269 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0296  30S ribosomal protein S5  64.12 
 
 		 169 aa  192  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000523035  hitchhiker  0.00000224205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  55.29 
 
 		 167 aa  192  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000490298  decreased coverage  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4732  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 		 166 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000128716  normal  0.628759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0504  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 		 166 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000566357  normal  0.161255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0501  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 		 166 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000260695  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1216  30S ribosomal protein S5  61.44 
 
 		 186 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1179  30S ribosomal protein S5  61.44 
 
 		 186 aa  191  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.139582  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0248  30S ribosomal protein S5  55.29 
 
 		 167 aa  191  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0336  30S ribosomal protein S5  60.13 
 
 		 192 aa  191  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2201  30S ribosomal protein S5  60.78 
 
 		 195 aa  191  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0216  30S ribosomal protein S5  55.29 
 
 		 167 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000901319  unclonable  0.0000000000154128 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0211  30S ribosomal protein S5  55.29 
 
 		 167 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0010203  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1778  30S ribosomal protein S5  57.14 
 
 		 201 aa  191  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0732859  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0216  30S ribosomal protein S5  55.29 
 
 		 167 aa  191  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000281151  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001725  SSU ribosomal protein S5p (S2e)  57.06 
 
 		 167 aa  191  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000199413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1006  30S ribosomal protein S5  60 
 
 		 167 aa  191  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00241211  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3742  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  191  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000003426  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1349  30S ribosomal protein S5  59.26 
 
 		 189 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000960578  normal  0.199719 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1381  30S ribosomal protein S5  60.13 
 
 		 191 aa  190  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.644809  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0715  30S ribosomal protein S5  62.84 
 
 		 189 aa  191  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.128922  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0187  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  191  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820766  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0165  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  191  6e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000786846  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1447  30S ribosomal protein S5  61.54 
 
 		 189 aa  190  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00747  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  190  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0784  30S ribosomal protein S5  61.76 
 
 		 180 aa  190  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000225838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5062  30S ribosomal protein S5  55.9 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956097  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1661  30S ribosomal protein S5  61.44 
 
 		 185 aa  189  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.115923  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3650  30S ribosomal protein S5  60.78 
 
 		 191 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0217  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000106861  hitchhiker  0.000109901 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0213  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000121956  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0411  30S ribosomal protein S5  56.96 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0386  30S ribosomal protein S5  56.96 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0854  30S ribosomal protein S5  56.17 
 
 		 166 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4039  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000362616  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4153  30S ribosomal protein S5  54.71 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000035229  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09020  30S ribosomal protein S5  56.17 
 
 		 166 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085618  normal  0.293269 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2157  30S ribosomal protein S5  57.06 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232198  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3507  30S ribosomal protein S5  53.8 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000462246  hitchhiker  0.0000000928534 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3892  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 		 166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000919521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1003  30S ribosomal protein S5  61.54 
 
 		 189 aa  188  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0840798  decreased coverage  0.00550147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5053  30S ribosomal protein S5  57.76 
 
 		 190 aa  188  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3167  30S ribosomal protein S5  59.48 
 
 		 191 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.380109  normal  0.459785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>