More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_25070 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 		 415 aa  820    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  62.62 
 
 		 430 aa  488  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  56.45 
 
 		 419 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  56.2 
 
 		 419 aa  398  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  59.54 
 
 		 402 aa  398  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  56.3 
 
 		 410 aa  394  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  55.53 
 
 		 424 aa  390  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  56.49 
 
 		 422 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  53.27 
 
 		 410 aa  387  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  58.46 
 
 		 407 aa  384  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  55.1 
 
 		 420 aa  377  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  55.9 
 
 		 406 aa  375  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  53.91 
 
 		 408 aa  369  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  51.94 
 
 		 408 aa  367  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  53.61 
 
 		 414 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  53.49 
 
 		 430 aa  355  1e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  48.5 
 
 		 417 aa  334  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  50.39 
 
 		 407 aa  322  7e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  49.49 
 
 		 415 aa  316  4e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  46.12 
 
 		 413 aa  302  7.000000000000001e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  47.18 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  47.18 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  42.78 
 
 		 408 aa  300  3e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  47.18 
 
 		 418 aa  298  9e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  44.53 
 
 		 399 aa  285  9e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  45.98 
 
 		 399 aa  282  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  39.64 
 
 		 393 aa  281  1e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  45.76 
 
 		 466 aa  278  2e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  41.6 
 
 		 426 aa  276  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  41.78 
 
 		 425 aa  275  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  44.05 
 
 		 431 aa  271  2e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  42.75 
 
 		 386 aa  268  8.999999999999999e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  38.82 
 
 		 409 aa  268  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  38.82 
 
 		 409 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  43.93 
 
 		 432 aa  266  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  44.33 
 
 		 409 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  40 
 
 		 391 aa  263  4e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  38.68 
 
 		 390 aa  263  4e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  45.77 
 
 		 374 aa  261  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  42.25 
 
 		 424 aa  261  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  42.4 
 
 		 429 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  47.52 
 
 		 378 aa  259  8e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  47.52 
 
 		 378 aa  259  8e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  41.03 
 
 		 413 aa  258  1e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  42.32 
 
 		 407 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  43.56 
 
 		 380 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  43.48 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1686  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  38.82 
 
 		 424 aa  257  2e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  49.28 
 
 		 463 aa  257  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  41.44 
 
 		 429 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  38.02 
 
 		 389 aa  256  4e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  46.88 
 
 		 355 aa  256  7e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  41.15 
 
 		 436 aa  255  9e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  49.27 
 
 		 443 aa  255  9e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  39.21 
 
 		 390 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  42.71 
 
 		 417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  42.57 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  42.57 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  35.82 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  40.31 
 
 		 412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  44.07 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  40.58 
 
 		 417 aa  253  5.000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  41.18 
 
 		 445 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  40.21 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  41.18 
 
 		 445 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  42.6 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  40.64 
 
 		 431 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  40.58 
 
 		 436 aa  249  4e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  41.93 
 
 		 417 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  42.82 
 
 		 418 aa  249  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  39.6 
 
 		 385 aa  249  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  42.44 
 
 		 449 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  40.91 
 
 		 432 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  41.98 
 
 		 431 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  38.44 
 
 		 413 aa  248  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 		 385 aa  246  4e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  42.77 
 
 		 378 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  36.88 
 
 		 408 aa  246  4e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  38.99 
 
 		 429 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  41.43 
 
 		 481 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  38.5 
 
 		 397 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  40.64 
 
 		 431 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  37.98 
 
 		 407 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  42.67 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  40.11 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  37.02 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  41.49 
 
 		 423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  42.17 
 
 		 834 aa  244  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3609  DNA-directed DNA polymerase  43.04 
 
 		 405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0243  ImpB/MucB/SamB family protein  36.45 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  42.38 
 
 		 395 aa  244  3e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  39.84 
 
 		 429 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  38.5 
 
 		 435 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  40.21 
 
 		 423 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  42.32 
 
 		 354 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  39.41 
 
 		 371 aa  242  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  39.94 
 
 		 363 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  39.7 
 
 		 407 aa  241  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  36.27 
 
 		 409 aa  241  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  40.56 
 
 		 354 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>