59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2511 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  100 
 
 
291 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  59.2 
 
 
281 aa  311  6e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  57.77 
 
 
288 aa  304  9e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  52.63 
 
 
315 aa  298  6e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  52.26 
 
 
315 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  52.63 
 
 
309 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  53.36 
 
 
315 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  47.93 
 
 
302 aa  289  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  47.93 
 
 
302 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  51.16 
 
 
309 aa  287  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  56.35 
 
 
270 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  49.64 
 
 
304 aa  285  5e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  56.3 
 
 
282 aa  285  8e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  47.08 
 
 
311 aa  275  9e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50 
 
 
279 aa  253  2e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  47.52 
 
 
279 aa  249  3e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  45.8 
 
 
298 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  46.27 
 
 
295 aa  244  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  41.04 
 
 
317 aa  243  2e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  46.9 
 
 
292 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  38.89 
 
 
284 aa  236  4e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  46.64 
 
 
337 aa  235  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  43.49 
 
 
306 aa  231  7e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  44.4 
 
 
283 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  41.84 
 
 
279 aa  228  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  45.66 
 
 
282 aa  226  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  43.75 
 
 
298 aa  225  8e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  47.86 
 
 
290 aa  224  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  39.12 
 
 
312 aa  223  2e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  41.44 
 
 
295 aa  223  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40.36 
 
 
281 aa  221  1e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  39.77 
 
 
279 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  41.22 
 
 
306 aa  215  9e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.5 
 
 
272 aa  212  5e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  43.8 
 
 
303 aa  212  7e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  41.67 
 
 
282 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  40.08 
 
 
282 aa  211  1e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  39.31 
 
 
282 aa  209  5e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  39.31 
 
 
282 aa  209  5e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  41.49 
 
 
269 aa  201  1e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  40.54 
 
 
275 aa  201  2e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  39.3 
 
 
272 aa  197  1e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  41.32 
 
 
302 aa  193  2e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  38.58 
 
 
266 aa  192  5e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  39.53 
 
 
375 aa  192  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  39.53 
 
 
326 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  38.19 
 
 
271 aa  183  2e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.68 
 
 
275 aa  175  1e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  31.07 
 
 
306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  30.95 
 
 
412 aa  56.2  6e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  26.83 
 
 
837 aa  51.2  2e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  5.43878e-06 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  29.79 
 
 
437 aa  50.8  3e-05  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  29.2 
 
 
437 aa  50.4  4e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  25.42 
 
 
432 aa  50.1  5e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  29.92 
 
 
437 aa  49.7  5e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  26.05 
 
 
871 aa  47.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 
847 aa  44.3  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  25.18 
 
 
831 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  36.99 
 
 
321 aa  42.7  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>