More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_1367 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  100 
 
 		 228 aa  451  1.0000000000000001e-126  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  64.47 
 
 		 228 aa  305  6e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  45.5 
 
 		 385 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  45.05 
 
 		 384 aa  185  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  40.97 
 
 		 235 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  40.89 
 
 		 235 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  40.89 
 
 		 235 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  40.89 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  40.53 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.53 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  40.53 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  40.53 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  40 
 
 		 238 aa  175  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 239 aa  174  8e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.05 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.09 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 235 aa  171  5.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  40.79 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 238 aa  171  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  40.79 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.02 
 
 		 238 aa  169  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 243 aa  169  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  40.79 
 
 		 298 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  37.45 
 
 		 268 aa  169  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.89 
 
 		 314 aa  168  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  40.47 
 
 		 240 aa  168  8e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 242 aa  167  9e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  39.21 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  40.97 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.43 
 
 		 242 aa  165  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 237 aa  165  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 389 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 242 aa  165  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 242 aa  165  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.43 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.43 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.23 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.09 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  40.09 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  38.98 
 
 		 245 aa  164  8e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  39.3 
 
 		 317 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 272 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 242 aa  162  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  39.35 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  39.65 
 
 		 229 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  40.17 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  40.17 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.62 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  40.17 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  38.77 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 253 aa  159  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2751  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.33 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.27 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.21 
 
 		 258 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.36 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  39.27 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  37.17 
 
 		 318 aa  158  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  38.6 
 
 		 229 aa  157  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  35.93 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  36.12 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  38.7 
 
 		 244 aa  156  2e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 238 aa  156  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  36.96 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 274 aa  156  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 274 aa  156  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  38.4 
 
 		 245 aa  155  4e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 247 aa  155  4e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  39.29 
 
 		 290 aa  155  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 309 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.09 
 
 		 290 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.09 
 
 		 290 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.84 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.84 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.84 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.84 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.84 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 234 aa  154  8e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  38.67 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  35.24 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 556 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.17 
 
 		 355 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  38.39 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  38.39 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>