More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0506 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  624  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  71.95 
 
 		 304 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  67.22 
 
 		 304 aa  425  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  65.56 
 
 		 303 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  65.56 
 
 		 303 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  64.12 
 
 		 303 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  64.45 
 
 		 303 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  45.03 
 
 		 331 aa  278  6e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  45.03 
 
 		 331 aa  277  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 299 aa  244  9e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.37 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  41.31 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  41.95 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 327 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  35.52 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.03 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  36.46 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  39.73 
 
 		 319 aa  202  7e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 309 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 309 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 354 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  33.68 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 323 aa  188  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.55 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>