More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_1166 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  90.44 
 
 
366 aa  684  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  99.18 
 
 
366 aa  741  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  83.06 
 
 
366 aa  640  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  99.45 
 
 
366 aa  741  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  91.83 
 
 
367 aa  687  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  92.9 
 
 
387 aa  697  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  93.17 
 
 
387 aa  698  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  99.73 
 
 
366 aa  744  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  3.16767e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
366 aa  746  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.90123e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  92.9 
 
 
387 aa  697  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  77.87 
 
 
366 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  4.7309e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  77.53 
 
 
366 aa  603  1e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  76.71 
 
 
366 aa  575  1e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  75.62 
 
 
366 aa  576  1e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  75.34 
 
 
366 aa  563  1e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  72.4 
 
 
366 aa  548  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  69.11 
 
 
369 aa  541  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  64.23 
 
 
401 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  66.76 
 
 
364 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  62.57 
 
 
363 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  63.66 
 
 
364 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  61.75 
 
 
375 aa  477  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  63.38 
 
 
364 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  66.28 
 
 
374 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  63.66 
 
 
364 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  61.28 
 
 
365 aa  469  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  61.28 
 
 
365 aa  466  1e-130  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  59.83 
 
 
364 aa  464  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  60.61 
 
 
362 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  59.84 
 
 
362 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  59.13 
 
 
367 aa  451  1e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  63.8 
 
 
371 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  59.5 
 
 
362 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  59.78 
 
 
362 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  59.13 
 
 
367 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  59.5 
 
 
362 aa  447  1e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  60.11 
 
 
365 aa  447  1e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  59.78 
 
 
368 aa  441  1e-122  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  57.54 
 
 
361 aa  439  1e-122  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  56.23 
 
 
363 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  57.06 
 
 
359 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  58.36 
 
 
369 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  56.78 
 
 
359 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  56.56 
 
 
364 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  55.96 
 
 
363 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  56.83 
 
 
369 aa  430  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0917  extracellular solute-binding protein  58.26 
 
 
359 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0241526  normal  0.315569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  57.1 
 
 
359 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  55.12 
 
 
363 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  55.68 
 
 
363 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  56.01 
 
 
365 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  56.46 
 
 
369 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  56.46 
 
 
369 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  55.74 
 
 
365 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  56.46 
 
 
369 aa  420  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.92 
 
 
369 aa  414  1e-115  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  56.51 
 
 
367 aa  417  1e-115  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.92 
 
 
371 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.51 
 
 
370 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.92 
 
 
371 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.92 
 
 
371 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.92 
 
 
371 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  56.15 
 
 
367 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.24 
 
 
370 aa  411  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.24 
 
 
370 aa  411  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.24 
 
 
370 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  53.24 
 
 
370 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.24 
 
 
370 aa  411  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  55.93 
 
 
366 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.1 
 
 
369 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  53.24 
 
 
370 aa  411  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  56.15 
 
 
367 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  7.95436e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.24 
 
 
370 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  54.92 
 
 
365 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  52.7 
 
 
370 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.24 
 
 
370 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  55.31 
 
 
367 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.64 
 
 
371 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  52.29 
 
 
369 aa  403  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  55.33 
 
 
369 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.93 
 
 
369 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  53.22 
 
 
366 aa  399  1e-110  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 
364 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  53.89 
 
 
370 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  52.46 
 
 
367 aa  390  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  54.55 
 
 
365 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  52.71 
 
 
366 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  53.48 
 
 
367 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  52.73 
 
 
367 aa  391  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  54.97 
 
 
365 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  51.26 
 
 
368 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  54.73 
 
 
367 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  54.49 
 
 
365 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  54.49 
 
 
365 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 
365 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  50.56 
 
 
362 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2785  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.87 
 
 
359 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0573918  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  50.56 
 
 
371 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
361 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  53.06 
 
 
365 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  1.73672e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>