More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_16230 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  100 
 
 
207 aa  426  1e-118  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  78.16 
 
 
207 aa  322  3e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  69.9 
 
 
207 aa  291  4e-78  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  4.5126e-06  hitchhiker  1.48432e-09 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  57.49 
 
 
208 aa  247  1e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  7.38717e-07  hitchhiker  5.90673e-07 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  50 
 
 
207 aa  219  2e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  49.51 
 
 
207 aa  217  9e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  47.57 
 
 
207 aa  211  6e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  210  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  50 
 
 
206 aa  207  7e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  46.6 
 
 
207 aa  206  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 
205 aa  206  3e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  4.72593e-05  unclonable  1.97161e-28 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  47.8 
 
 
206 aa  205  4e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  49.03 
 
 
207 aa  205  4e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  49.51 
 
 
207 aa  204  7e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  49.51 
 
 
207 aa  204  7e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
208 aa  200  1e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  3.6372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  199  3e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  45.32 
 
 
207 aa  196  1e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
207 aa  196  2e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  47.57 
 
 
206 aa  193  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
207 aa  192  2e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.35339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  46.38 
 
 
209 aa  193  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  45.63 
 
 
207 aa  191  1e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
206 aa  190  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  43.69 
 
 
207 aa  190  1e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  46.6 
 
 
207 aa  189  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  45.15 
 
 
207 aa  188  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  46.6 
 
 
204 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  48.99 
 
 
218 aa  187  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  46.6 
 
 
204 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 
206 aa  185  4e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  46.57 
 
 
223 aa  185  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  45.15 
 
 
208 aa  184  9e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  46.12 
 
 
207 aa  181  7e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  43.69 
 
 
207 aa  181  8e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  48.74 
 
 
228 aa  179  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  48 
 
 
216 aa  178  5e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  44.23 
 
 
214 aa  178  6e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  45 
 
 
221 aa  177  8e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
208 aa  177  8e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.69782e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  43 
 
 
206 aa  177  8e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  45.96 
 
 
219 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  45.96 
 
 
219 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  48.45 
 
 
216 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  45.5 
 
 
221 aa  177  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.75 
 
 
207 aa  177  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  45.96 
 
 
219 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  45.5 
 
 
212 aa  177  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  46.8 
 
 
216 aa  176  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  44.34 
 
 
223 aa  176  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.24266e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  45.96 
 
 
222 aa  175  4e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  39.32 
 
 
207 aa  174  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
208 aa  174  8e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  43.9 
 
 
212 aa  174  1e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
209 aa  173  1e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  6.71055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 
208 aa  174  1e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  49.17 
 
 
217 aa  174  1e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  45.96 
 
 
232 aa  174  1e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  42.51 
 
 
208 aa  173  1e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  45.96 
 
 
218 aa  173  1e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
208 aa  173  2e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  44.67 
 
 
219 aa  173  2e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  43.84 
 
 
248 aa  173  2e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  42.58 
 
 
212 aa  172  2e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  43.63 
 
 
208 aa  172  3e-42  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  42.31 
 
 
208 aa  172  3e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  42.93 
 
 
209 aa  172  3e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
206 aa  172  4e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.69503e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  44.44 
 
 
217 aa  172  4e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  43.07 
 
 
208 aa  171  5e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  3.40203e-05  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1341  ribosomal protein L4/L1e  46.52 
 
 
210 aa  171  8e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  43.41 
 
 
222 aa  171  9e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  44.16 
 
 
292 aa  170  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  44.33 
 
 
209 aa  169  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0248  50S ribosomal protein L4  43.06 
 
 
211 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.890563  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  40 
 
 
207 aa  168  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0251  50S ribosomal protein L4  43.06 
 
 
211 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 
212 aa  168  4e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
208 aa  168  6e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  45.96 
 
 
247 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  43.2 
 
 
207 aa  167  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  43.94 
 
 
223 aa  167  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  44.74 
 
 
221 aa  166  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.17748e-06 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1293  50S ribosomal protein L4  42.58 
 
 
210 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  2.05733e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  44.95 
 
 
228 aa  166  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  43.23 
 
 
209 aa  166  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  43.3 
 
 
208 aa  166  2e-40  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  6.04234e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
206 aa  165  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.29639e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  42.65 
 
 
210 aa  165  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  44.97 
 
 
223 aa  164  6e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 
223 aa  165  6e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 
208 aa  164  6e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>