92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3411 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  100 
 
 		 257 aa  530  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  80.93 
 
 		 292 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  77.61 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  77.61 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  75.68 
 
 		 295 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  76.06 
 
 		 295 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  75.68 
 
 		 295 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  74.52 
 
 		 309 aa  388  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  73.93 
 
 		 292 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  72.97 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  71.81 
 
 		 294 aa  381  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  72.2 
 
 		 293 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  64.26 
 
 		 300 aa  315  5e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  59.07 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  54.44 
 
 		 298 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  55.6 
 
 		 297 aa  274  9e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  54.83 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  51.92 
 
 		 296 aa  250  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  73.43 
 
 		 156 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  37.65 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.34 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  39.5 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.45 
 
 		 289 aa  164  9e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  37.89 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  39.08 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  38.24 
 
 		 338 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  36.82 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 		 291 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  36.22 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.08 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  36.32 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  41.04 
 
 		 293 aa  142  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  32.49 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  38.75 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  38.14 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  40.66 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  37.66 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  37.95 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  36.67 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  34.45 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  32.92 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  30.8 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 		 380 aa  118  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  32 
 
 		 399 aa  117  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  30 
 
 		 291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  28.1 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  30.18 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  30.19 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  32.41 
 
 		 386 aa  106  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  33.49 
 
 		 388 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  34.81 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  32.02 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  27.63 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  30.59 
 
 		 377 aa  94.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  29.44 
 
 		 321 aa  92.4  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  27.02 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  29.22 
 
 		 373 aa  85.5  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  32.9 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  24.66 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  28.77 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  30.5 
 
 		 409 aa  69.3  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  30.61 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  31.2 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 		 444 aa  52.4  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2022  hypothetical protein  32.99 
 
 		 338 aa  51.2  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  24.84 
 
 		 501 aa  50.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  29 
 
 		 503 aa  49.3  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 		 520 aa  48.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4117  hypothetical protein  28.42 
 
 		 334 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  30.69 
 
 		 374 aa  46.6  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1228  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.31 
 
 		 380 aa  45.8  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.07 
 
 		 478 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 		 531 aa  45.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 		 472 aa  44.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4436  coproporphyrinogen III oxidase  25.53 
 
 		 379 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  27.61 
 
 		 476 aa  44.3  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  39.71 
 
 		 429 aa  43.9  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2936  hypothetical protein  28.32 
 
 		 319 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971153  hitchhiker  0.00000000000000717489 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0800  coproporphyrinogen III oxidase  25.53 
 
 		 379 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000109269  hitchhiker  5.6543700000000005e-18 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0586  radical SAM family protein  29.2 
 
 		 319 aa  44.3  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.82 
 
 		 479 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.82 
 
 		 479 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2205  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.56 
 
 		 484 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.434843  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 		 476 aa  43.5  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 		 488 aa  42.7  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 341 aa  42.7  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  22.58 
 
 		 490 aa  42.7  0.006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4119  putative radical SAM protein  26.96 
 
 		 305 aa  42.4  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155927  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0664  hypothetical protein  29.07 
 
 		 318 aa  42.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08613e-26 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3661  putative radical SAM protein  26.15 
 
 		 319 aa  42  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00191  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  30 
 
 		 506 aa  42  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>