More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3106 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  100 
 
 		 428 aa  852    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  62.5 
 
 		 424 aa  564  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  64.98 
 
 		 425 aa  509  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  57.94 
 
 		 434 aa  506  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  57.77 
 
 		 432 aa  487  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  55.5 
 
 		 440 aa  469  1.0000000000000001e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  50.35 
 
 		 424 aa  433  1e-120  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  38.16 
 
 		 433 aa  288  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  35.7 
 
 		 430 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  35.7 
 
 		 430 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  36.27 
 
 		 426 aa  278  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  34.99 
 
 		 430 aa  276  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  37.26 
 
 		 424 aa  276  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  35.26 
 
 		 429 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  40.32 
 
 		 431 aa  275  8e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  37.27 
 
 		 430 aa  271  1e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  35.01 
 
 		 430 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  35.26 
 
 		 430 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  35.26 
 
 		 429 aa  270  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  38.8 
 
 		 441 aa  268  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  35.43 
 
 		 432 aa  266  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  34.66 
 
 		 439 aa  266  8e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  35.52 
 
 		 433 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  35.52 
 
 		 433 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  37.12 
 
 		 435 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  38.02 
 
 		 430 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  38.02 
 
 		 430 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  36.41 
 
 		 427 aa  261  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  32.48 
 
 		 434 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  34.61 
 
 		 472 aa  257  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  34.87 
 
 		 432 aa  257  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  34.61 
 
 		 472 aa  257  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  32.48 
 
 		 434 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  34.87 
 
 		 432 aa  256  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  32.48 
 
 		 434 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  32.48 
 
 		 434 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  36.91 
 
 		 449 aa  256  4e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  32.48 
 
 		 434 aa  256  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  35.29 
 
 		 431 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  34.39 
 
 		 425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  34.39 
 
 		 425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  32.47 
 
 		 433 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  35.35 
 
 		 429 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  33.17 
 
 		 434 aa  251  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  33.17 
 
 		 434 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  33.17 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  33.41 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  32.24 
 
 		 433 aa  249  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  35.12 
 
 		 441 aa  249  6e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  35.1 
 
 		 453 aa  249  8e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  36.59 
 
 		 427 aa  249  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  37.25 
 
 		 423 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  35.37 
 
 		 436 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  34.87 
 
 		 432 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  33.57 
 
 		 434 aa  247  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  34.62 
 
 		 432 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  34.62 
 
 		 432 aa  247  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  34.62 
 
 		 432 aa  247  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  34.62 
 
 		 432 aa  247  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  35.25 
 
 		 411 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  34.52 
 
 		 454 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  33.41 
 
 		 474 aa  246  4.9999999999999997e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  34.31 
 
 		 430 aa  246  6e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  35.04 
 
 		 435 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  35.49 
 
 		 429 aa  240  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  36.52 
 
 		 432 aa  239  8e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  33.65 
 
 		 436 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  34.76 
 
 		 430 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  31.72 
 
 		 432 aa  237  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  33.99 
 
 		 420 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4288  major facilitator transporter  31.89 
 
 		 457 aa  233  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  33.74 
 
 		 480 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  33.74 
 
 		 441 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  37 
 
 		 423 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  33.99 
 
 		 441 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  37.25 
 
 		 423 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  37.25 
 
 		 423 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  34.06 
 
 		 436 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  32.99 
 
 		 441 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  32.3 
 
 		 468 aa  230  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  36.62 
 
 		 423 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  33.5 
 
 		 445 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  32.46 
 
 		 439 aa  226  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  36.36 
 
 		 443 aa  225  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  33.73 
 
 		 442 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  32.21 
 
 		 439 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  33.58 
 
 		 441 aa  223  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  32.52 
 
 		 442 aa  222  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_003296  RS02062  putative transporter transmembrane protein  33.57 
 
 		 441 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000104941  normal  0.781434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  32.01 
 
 		 430 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  32.42 
 
 		 433 aa  221  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3060  major facilitator transporter  32.63 
 
 		 436 aa  219  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.135918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3179  major facilitator transporter  32.7 
 
 		 432 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  34.25 
 
 		 435 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4873  major facilitator transporter  36.07 
 
 		 501 aa  217  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103797  normal  0.996153 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  30.73 
 
 		 436 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5154  major facilitator transporter  30.57 
 
 		 428 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379393  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  33.02 
 
 		 449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 		 432 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  30.48 
 
 		 436 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>