More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4445 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  84.1 
 
 
435 aa  723    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
433 aa  874    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
433 aa  874    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  62.29 
 
 
429 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  62.44 
 
 
433 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  61.4 
 
 
436 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  61 
 
 
430 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  62.24 
 
 
436 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  56.88 
 
 
434 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  56.88 
 
 
433 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  56.88 
 
 
434 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  56.44 
 
 
432 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  56.19 
 
 
433 aa  501  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  55.71 
 
 
433 aa  502  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  56.26 
 
 
472 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  56.26 
 
 
432 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  56.26 
 
 
472 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  55.56 
 
 
434 aa  492  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  56.26 
 
 
432 aa  490  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  56.26 
 
 
432 aa  490  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  56.26 
 
 
432 aa  490  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  56.03 
 
 
432 aa  490  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  56.26 
 
 
432 aa  490  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  56.26 
 
 
432 aa  489  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  55.9 
 
 
433 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  54.76 
 
 
474 aa  486  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  55.24 
 
 
423 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  55.53 
 
 
430 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  53.81 
 
 
435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  55.29 
 
 
430 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  55.53 
 
 
432 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  55.71 
 
 
423 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  55.48 
 
 
443 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  55.71 
 
 
423 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  55.48 
 
 
423 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  55.24 
 
 
423 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  48.49 
 
 
434 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  48.26 
 
 
434 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  48.26 
 
 
434 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  48.26 
 
 
434 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  48.26 
 
 
434 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  53.66 
 
 
411 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  50.12 
 
 
430 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  49.41 
 
 
427 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  44.15 
 
 
425 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  44.15 
 
 
425 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  43.23 
 
 
436 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  43.63 
 
 
435 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  43.63 
 
 
435 aa  374  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  43.63 
 
 
435 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  42.82 
 
 
436 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  42.52 
 
 
435 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  43.57 
 
 
432 aa  361  1e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  42.93 
 
 
433 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  41.63 
 
 
433 aa  357  1.9999999999999998e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  41.15 
 
 
452 aa  354  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  41.15 
 
 
452 aa  354  2e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  35.47 
 
 
424 aa  265  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  35.52 
 
 
428 aa  264  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  35.25 
 
 
439 aa  261  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  35.17 
 
 
432 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  37.5 
 
 
434 aa  257  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  34.6 
 
 
436 aa  251  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  31.3 
 
 
430 aa  250  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  33.89 
 
 
431 aa  249  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  33.72 
 
 
441 aa  246  6e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  33.96 
 
 
449 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  32.71 
 
 
432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  32.18 
 
 
431 aa  242  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  34.85 
 
 
426 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  33.58 
 
 
430 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  34.01 
 
 
440 aa  236  9e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  31.31 
 
 
424 aa  234  2.0000000000000002e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  34.03 
 
 
429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  35.37 
 
 
424 aa  232  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  32.9 
 
 
430 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  32.45 
 
 
430 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  32.45 
 
 
430 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  34.06 
 
 
430 aa  231  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  32.9 
 
 
430 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  34.15 
 
 
433 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  34.42 
 
 
425 aa  228  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  32.81 
 
 
429 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  32.15 
 
 
441 aa  223  4e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  32.06 
 
 
454 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  32.3 
 
 
420 aa  213  5.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  33.42 
 
 
427 aa  206  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  32.91 
 
 
453 aa  204  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  34.02 
 
 
429 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  31.7 
 
 
435 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  29.71 
 
 
415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  32.87 
 
 
435 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  31.36 
 
 
468 aa  193  5e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  29.74 
 
 
441 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0885  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  31.82 
 
 
456 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  29.72 
 
 
448 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  29.61 
 
 
449 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3065  major facilitator transporter  32.28 
 
 
447 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347514  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5302  major facilitator transporter  32.28 
 
 
447 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0397633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>