More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2604 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  100 
 
 		 480 aa  974    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  84.11 
 
 		 439 aa  758    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  98.87 
 
 		 441 aa  880    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  82.27 
 
 		 442 aa  758    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  72.71 
 
 		 441 aa  671    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  79.73 
 
 		 445 aa  738    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3179  major facilitator transporter  88.4 
 
 		 432 aa  768    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  81.75 
 
 		 442 aa  730    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  100 
 
 		 441 aa  890    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  81.9 
 
 		 441 aa  753    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  82.84 
 
 		 439 aa  748    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02062  putative transporter transmembrane protein  69.84 
 
 		 441 aa  624  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000104941  normal  0.781434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4873  major facilitator transporter  59.09 
 
 		 501 aa  538  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103797  normal  0.996153 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  43.41 
 
 		 433 aa  356  5.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  41.94 
 
 		 439 aa  352  5.9999999999999994e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  42.05 
 
 		 431 aa  335  1e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  41.67 
 
 		 427 aa  335  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  40.44 
 
 		 436 aa  329  9e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  39.36 
 
 		 424 aa  327  3e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  39.14 
 
 		 454 aa  324  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  41.33 
 
 		 431 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  38.59 
 
 		 430 aa  317  2e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  40.81 
 
 		 449 aa  315  9e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  40.71 
 
 		 429 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  39.06 
 
 		 430 aa  315  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  39.38 
 
 		 432 aa  311  2e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  38.55 
 
 		 430 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  38.31 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  38.31 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4288  major facilitator transporter  40.72 
 
 		 457 aa  306  6e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  40.05 
 
 		 429 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  39.61 
 
 		 426 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  39.52 
 
 		 429 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  38.8 
 
 		 430 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  38.8 
 
 		 430 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  36.52 
 
 		 441 aa  300  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  38.05 
 
 		 468 aa  300  4e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  38.23 
 
 		 453 aa  292  1e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  38.94 
 
 		 449 aa  277  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  38.05 
 
 		 435 aa  273  3e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4265  major facilitator transporter  36.41 
 
 		 489 aa  254  4.0000000000000004e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.762522  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2272  major facilitator superfamily MFS_1  36.16 
 
 		 479 aa  251  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.972023  decreased coverage  0.00181869 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1666  major facilitator transporter  33.83 
 
 		 411 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.493096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  33.74 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2448  major facilitator transporter  31.93 
 
 		 409 aa  223  6e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.581947  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  35.11 
 
 		 441 aa  212  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  33.92 
 
 		 424 aa  211  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  32.02 
 
 		 425 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  32.02 
 
 		 425 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  32.63 
 
 		 411 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  32.43 
 
 		 434 aa  199  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  33.59 
 
 		 430 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 		 436 aa  196  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  30.59 
 
 		 432 aa  195  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  32.66 
 
 		 423 aa  194  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  32.23 
 
 		 434 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  32.55 
 
 		 436 aa  192  8e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  32.23 
 
 		 434 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  32.23 
 
 		 434 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  32.23 
 
 		 434 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  31.98 
 
 		 434 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  33.25 
 
 		 425 aa  192  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  31.84 
 
 		 433 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  32.91 
 
 		 423 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  32.91 
 
 		 423 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  31.22 
 
 		 440 aa  185  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  30.54 
 
 		 433 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  30.54 
 
 		 433 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  32.77 
 
 		 432 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  31.75 
 
 		 430 aa  183  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  31.7 
 
 		 429 aa  183  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  32.2 
 
 		 433 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  31.31 
 
 		 452 aa  182  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  31.5 
 
 		 435 aa  182  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  31.31 
 
 		 452 aa  182  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  31.5 
 
 		 435 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  31.5 
 
 		 435 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  31.33 
 
 		 430 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  31.39 
 
 		 435 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  31.3 
 
 		 435 aa  182  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  31.9 
 
 		 423 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  31.9 
 
 		 443 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  32.66 
 
 		 423 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  31.51 
 
 		 424 aa  175  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  30.12 
 
 		 420 aa  174  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  30.36 
 
 		 435 aa  172  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  30.27 
 
 		 448 aa  172  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5154  major facilitator transporter  30.65 
 
 		 428 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379393  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  28.47 
 
 		 449 aa  167  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2920  major facilitator superfamily MFS_1  29.97 
 
 		 448 aa  167  5.9999999999999996e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal  0.655639 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  30.89 
 
 		 435 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  28.64 
 
 		 432 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2056  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  28.75 
 
 		 448 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  31.93 
 
 		 436 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4949  major facilitator transporter  28.14 
 
 		 428 aa  163  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4153  major facilitator transporter  29.19 
 
 		 436 aa  163  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.25615  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3211  major facilitator transporter  28.14 
 
 		 428 aa  163  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  28.28 
 
 		 472 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  28.28 
 
 		 472 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3060  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 436 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.135918  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>