More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1080 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  85.42 
 
 		 430 aa  749    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  100 
 
 		 432 aa  862    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  78.2 
 
 		 435 aa  674    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  85.42 
 
 		 430 aa  747    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  76.83 
 
 		 423 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  76.61 
 
 		 423 aa  651    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  76.6 
 
 		 443 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  75.18 
 
 		 423 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  75.65 
 
 		 423 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  75.65 
 
 		 423 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  55.53 
 
 		 433 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  55.53 
 
 		 433 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  56.9 
 
 		 435 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  51.52 
 
 		 434 aa  448  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  52.13 
 
 		 433 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  51.9 
 
 		 433 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  51.4 
 
 		 429 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  52.74 
 
 		 474 aa  445  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  50.81 
 
 		 432 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  50.81 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  50.81 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  49.65 
 
 		 434 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  49.65 
 
 		 433 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  50.58 
 
 		 433 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  49.65 
 
 		 434 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  51.64 
 
 		 432 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  50.8 
 
 		 432 aa  439  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  50.81 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  51.72 
 
 		 434 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  50.81 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  51.27 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  50.81 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  51.72 
 
 		 434 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  51.72 
 
 		 434 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  51.72 
 
 		 434 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  50.81 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  51.72 
 
 		 434 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  51.8 
 
 		 433 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  52.28 
 
 		 430 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  55.26 
 
 		 411 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  52.03 
 
 		 436 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  52.46 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  51.44 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  46.7 
 
 		 436 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  46.32 
 
 		 452 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  46.32 
 
 		 452 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  45.84 
 
 		 433 aa  395  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  46.46 
 
 		 436 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  47.32 
 
 		 435 aa  393  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  45.93 
 
 		 435 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  45.93 
 
 		 435 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  45.93 
 
 		 435 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  46.39 
 
 		 433 aa  384  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  46.19 
 
 		 432 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  49.76 
 
 		 427 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  42.86 
 
 		 425 aa  362  6e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  42.86 
 
 		 425 aa  362  6e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  37.53 
 
 		 428 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  36.84 
 
 		 424 aa  252  9.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  35.4 
 
 		 441 aa  248  1e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  36.43 
 
 		 434 aa  240  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  35.35 
 
 		 436 aa  236  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  34.57 
 
 		 426 aa  236  6e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 		 430 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  33.87 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  35.9 
 
 		 449 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  37.47 
 
 		 425 aa  230  4e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  34.41 
 
 		 424 aa  229  6e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  34.76 
 
 		 430 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  34.29 
 
 		 431 aa  228  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  34.56 
 
 		 431 aa  226  6e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  35.51 
 
 		 441 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  34.23 
 
 		 439 aa  223  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  35.08 
 
 		 424 aa  223  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  32.78 
 
 		 432 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  33.41 
 
 		 440 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  32.9 
 
 		 429 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  33.16 
 
 		 430 aa  217  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 430 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 430 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  33.93 
 
 		 427 aa  213  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 430 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 430 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  32.38 
 
 		 429 aa  209  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  33.25 
 
 		 433 aa  208  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  31.03 
 
 		 453 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  32.35 
 
 		 429 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  30.16 
 
 		 454 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  32.96 
 
 		 435 aa  182  9.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  31.62 
 
 		 439 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  30.07 
 
 		 420 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  29.19 
 
 		 415 aa  180  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  29.33 
 
 		 441 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  30.2 
 
 		 468 aa  179  5.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  31.5 
 
 		 442 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4215  major facilitator superfamily MFS_1  30.85 
 
 		 438 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.528706 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  31.96 
 
 		 449 aa  177  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  30.71 
 
 		 441 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4949  major facilitator transporter  30.12 
 
 		 428 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3211  major facilitator transporter  30.12 
 
 		 428 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>