More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0553 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  84.35 
 
 		 472 aa  744    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  87.79 
 
 		 432 aa  781    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  84.11 
 
 		 432 aa  727    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  86.42 
 
 		 434 aa  768    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  88.31 
 
 		 433 aa  775    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  88.31 
 
 		 433 aa  768    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  84.11 
 
 		 432 aa  727    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  100 
 
 		 434 aa  879    Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  84.11 
 
 		 432 aa  726    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  84.35 
 
 		 432 aa  746    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  100 
 
 		 433 aa  877    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  83.41 
 
 		 432 aa  736    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  84.11 
 
 		 432 aa  727    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  83.88 
 
 		 474 aa  745    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  100 
 
 		 434 aa  879    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  84.35 
 
 		 472 aa  744    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  84.11 
 
 		 432 aa  727    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  85.82 
 
 		 433 aa  757    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  56.88 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  56.88 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  53.57 
 
 		 429 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  56.15 
 
 		 433 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  55.4 
 
 		 430 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  59.18 
 
 		 435 aa  491  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  55.79 
 
 		 436 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  56.31 
 
 		 436 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  47.62 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  48.45 
 
 		 430 aa  428  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  47.62 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  48.69 
 
 		 430 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  49.65 
 
 		 432 aa  427  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  49.4 
 
 		 423 aa  428  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  49.04 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  45.41 
 
 		 434 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  45.41 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  45.41 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  45.41 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  45.41 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  48.69 
 
 		 443 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  48.93 
 
 		 423 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  48.21 
 
 		 423 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  48.45 
 
 		 423 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  48.21 
 
 		 423 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  49.4 
 
 		 411 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  47.33 
 
 		 427 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  46.88 
 
 		 430 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  45.26 
 
 		 435 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  45.26 
 
 		 435 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  45.26 
 
 		 435 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  43.6 
 
 		 435 aa  355  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  41.77 
 
 		 433 aa  349  5e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  42.11 
 
 		 436 aa  349  6e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  41.53 
 
 		 452 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  41.53 
 
 		 452 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  42.11 
 
 		 436 aa  345  7e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  43.13 
 
 		 432 aa  342  8e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  42.65 
 
 		 433 aa  339  4e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  35.34 
 
 		 424 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  33.17 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  35.14 
 
 		 431 aa  233  6e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  33.96 
 
 		 433 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  31.25 
 
 		 434 aa  224  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  34.37 
 
 		 431 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  33.25 
 
 		 430 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  32.49 
 
 		 439 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  33.86 
 
 		 436 aa  220  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 		 449 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  33.87 
 
 		 425 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  30.84 
 
 		 440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  31.06 
 
 		 432 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  31.54 
 
 		 424 aa  212  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  30.56 
 
 		 441 aa  210  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  30.8 
 
 		 432 aa  208  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  30.47 
 
 		 430 aa  207  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  30.82 
 
 		 441 aa  205  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  32.63 
 
 		 426 aa  204  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  30.6 
 
 		 427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  31.33 
 
 		 430 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  30.09 
 
 		 429 aa  199  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  27.62 
 
 		 424 aa  198  2.0000000000000003e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 430 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 430 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 429 aa  196  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 430 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  29.5 
 
 		 430 aa  193  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  30.12 
 
 		 454 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  31.19 
 
 		 453 aa  188  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  30.02 
 
 		 429 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  27.8 
 
 		 415 aa  176  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  28.34 
 
 		 435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  30.88 
 
 		 468 aa  173  5e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  28.31 
 
 		 446 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  29.5 
 
 		 435 aa  172  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4010  major facilitator transporter  28.31 
 
 		 446 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.835742  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  27.65 
 
 		 420 aa  171  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5058  major facilitator superfamily MFS_1  31.54 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.796866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  27.79 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  28.5 
 
 		 480 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  28.05 
 
 		 449 aa  160  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4288  major facilitator transporter  29.02 
 
 		 457 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>