199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2688 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2688  hypothetical protein  100 
 
 
188 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.885834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4846  hypothetical protein  57.53 
 
 
178 aa  174  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0182  hypothetical protein  43.16 
 
 
189 aa  167  7e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0774687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1376  hypothetical protein  43.96 
 
 
181 aa  165  4e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1501  hypothetical protein  47.74 
 
 
190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.223609  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0061  hypothetical protein  51.35 
 
 
161 aa  155  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.861882  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0192  hypothetical protein  54.48 
 
 
187 aa  154  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0211  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  54.48 
 
 
187 aa  154  9e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.506232  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0069  hypothetical protein  50.68 
 
 
164 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1890  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.36 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.326681  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  30.46 
 
 
189 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.06 
 
 
178 aa  61.2  0.000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.11 
 
 
598 aa  61.2  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  29.57 
 
 
581 aa  60.5  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0243  redoxin domain-containing protein  31.72 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.487537  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  28.36 
 
 
186 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1960  hypothetical protein  32.54 
 
 
163 aa  60.1  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0103  hypothetical protein  30.43 
 
 
156 aa  60.1  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.76812 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  30.16 
 
 
581 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1445  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.82 
 
 
182 aa  59.3  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  34.65 
 
 
699 aa  58.9  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.34 
 
 
641 aa  58.5  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2724  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  23.2 
 
 
188 aa  58.2  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.32328  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  35.04 
 
 
697 aa  58.2  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  28.8 
 
 
503 aa  57  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  23.91 
 
 
493 aa  57.4  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  29.75 
 
 
622 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.48 
 
 
576 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.35 
 
 
688 aa  57  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  27.1 
 
 
187 aa  55.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  27.74 
 
 
197 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  27.03 
 
 
188 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28 
 
 
166 aa  55.1  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000277693  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  35.16 
 
 
644 aa  54.7  0.0000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  33.07 
 
 
634 aa  54.3  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1889  thioredoxin family protein  28.91 
 
 
174 aa  54.3  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0172229 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2283  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.13 
 
 
199 aa  53.9  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000858823  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  28.41 
 
 
592 aa  53.9  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
612 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1389  Redoxin domain protein  31.45 
 
 
189 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.335379  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  29.77 
 
 
396 aa  53.5  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  27.33 
 
 
691 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.07 
 
 
596 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  24.35 
 
 
184 aa  52.8  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.95 
 
 
404 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2212  thioredoxin-like  24.81 
 
 
133 aa  52.4  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.249121  normal  0.498719 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  27.1 
 
 
197 aa  52.4  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3631  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.9 
 
 
187 aa  52.4  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.540722  normal  0.6253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1493  redoxin domain-containing protein  34.09 
 
 
190 aa  52  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3544  hypothetical protein  26.98 
 
 
199 aa  52  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.96 
 
 
628 aa  52  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0432  redoxin domain-containing protein  30.3 
 
 
169 aa  52  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0116447 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  29.1 
 
 
193 aa  51.6  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.21 
 
 
589 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.33 
 
 
639 aa  51.2  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  28.48 
 
 
193 aa  50.8  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2734  Redoxin domain protein  29.55 
 
 
204 aa  50.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0627049  normal  0.0544448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.07 
 
 
435 aa  50.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  29.17 
 
 
469 aa  50.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  28.67 
 
 
604 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2968  hypothetical protein  28.03 
 
 
162 aa  50.4  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  27.34 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0344  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.13 
 
 
183 aa  50.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00014833  hitchhiker  0.000312976 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  27.97 
 
 
589 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1252  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.58 
 
 
221 aa  50.1  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  27.82 
 
 
189 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  26.82 
 
 
591 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  27.34 
 
 
193 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  27.34 
 
 
193 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  28.68 
 
 
369 aa  48.9  0.00004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  26.72 
 
 
498 aa  48.9  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2046  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  26.32 
 
 
437 aa  48.5  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0189188  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.28 
 
 
625 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.28 
 
 
622 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.41 
 
 
609 aa  48.1  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.17 
 
 
623 aa  48.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.28 
 
 
596 aa  48.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.37 
 
 
187 aa  47.4  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08080  Peroxiredoxin  22.22 
 
 
190 aa  47.4  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000479463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.23 
 
 
403 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.57 
 
 
466 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  27.42 
 
 
381 aa  47.4  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3424  Redoxin domain protein  26.99 
 
 
183 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0519333  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0475  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.42 
 
 
157 aa  47  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0330837 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1503  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.21 
 
 
437 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0873558  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  28.57 
 
 
178 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.46 
 
 
619 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1598  thiol-disulfide oxidoreductase  28.44 
 
 
173 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.966744  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1356  thiol-disulfide oxidoreductase  28.44 
 
 
173 aa  46.6  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2431  putative thioredoxin  28.1 
 
 
164 aa  46.6  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0087  thiol-disulfide isomerase-like protein  33.33 
 
 
170 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.653321  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.46 
 
 
619 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1634  thiol-disulfide oxidoreductase  27.83 
 
 
173 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5120  redoxin domain-containing protein  27.34 
 
 
269 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.46 
 
 
619 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.12 
 
 
200 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0628  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  24.59 
 
 
206 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.603467  hitchhiker  0.00557817 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3262  redoxin domain-containing protein  26.56 
 
 
269 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0170639  normal  0.755125 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  26.77 
 
 
504 aa  46.2  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  25.52 
 
 
735 aa  46.2  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>