More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2405 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  100 
 
 
178 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3290  redoxin domain-containing protein  94.94 
 
 
178 aa  350  4e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.680402  normal  0.588727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2010  redoxin domain-containing protein  89.89 
 
 
178 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1911  redoxin domain-containing protein  84.83 
 
 
184 aa  320  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58722  normal  0.231287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  62.76 
 
 
404 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  61.54 
 
 
403 aa  210  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  61.38 
 
 
623 aa  208  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  62.07 
 
 
691 aa  207  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  61.38 
 
 
622 aa  207  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  61.38 
 
 
625 aa  207  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  61.38 
 
 
619 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  61.38 
 
 
619 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  61.38 
 
 
619 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  60.69 
 
 
622 aa  203  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.44 
 
 
435 aa  202  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  60.69 
 
 
626 aa  202  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  61.38 
 
 
609 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  59.31 
 
 
604 aa  201  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  60 
 
 
469 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  51.69 
 
 
596 aa  194  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  57.93 
 
 
592 aa  194  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  57.93 
 
 
589 aa  191  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  57.24 
 
 
591 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  55.62 
 
 
598 aa  191  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  57.93 
 
 
581 aa  190  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  56.55 
 
 
589 aa  187  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  56.55 
 
 
596 aa  185  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  53.85 
 
 
466 aa  185  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  53.15 
 
 
466 aa  184  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  51.3 
 
 
188 aa  181  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  53.85 
 
 
589 aa  175  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  49.7 
 
 
200 aa  174  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  51.23 
 
 
193 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  53.57 
 
 
187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12889  integral membrane C-type cytochrome biogenesis protein dipZ  47.65 
 
 
695 aa  169  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  47.56 
 
 
189 aa  168  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  50 
 
 
186 aa  167  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  49.34 
 
 
193 aa  166  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  51.41 
 
 
193 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  52.9 
 
 
197 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  51.41 
 
 
193 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  51.41 
 
 
193 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  52.17 
 
 
197 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  52.52 
 
 
381 aa  162  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  51.06 
 
 
576 aa  162  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17110  cytochrome c biogenesis protein  45.1 
 
 
659 aa  156  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473762  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  42 
 
 
369 aa  152  2e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3496  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  47.22 
 
 
570 aa  149  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40474  normal  0.105344 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1839  hypothetical protein  44.2 
 
 
249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  39.29 
 
 
581 aa  108  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  36.88 
 
 
503 aa  103  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.62 
 
 
493 aa  102  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  40.29 
 
 
644 aa  102  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.43 
 
 
612 aa  95.1  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  34.33 
 
 
697 aa  94.7  5e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.43 
 
 
612 aa  94.4  8e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  37.78 
 
 
674 aa  92.4  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  37.59 
 
 
672 aa  92.4  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.44 
 
 
612 aa  91.7  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  35.54 
 
 
504 aa  91.3  7e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.07 
 
 
688 aa  89.7  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  38.84 
 
 
699 aa  88.6  5e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  35.86 
 
 
487 aa  87.8  7e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  35.07 
 
 
634 aa  87  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.59 
 
 
628 aa  86.3  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.31 
 
 
639 aa  86.7  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  41.28 
 
 
584 aa  85.1  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  31.91 
 
 
498 aa  83.6  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  37.4 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.54 
 
 
641 aa  83.6  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  34.38 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.79 
 
 
280 aa  80.5  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0506  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.08 
 
 
175 aa  79  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0010915  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.97 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1566  hypothetical protein  30.73 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.61 
 
 
189 aa  77.4  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  32.52 
 
 
168 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3927  thioredoxin-like  29.3 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298512  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  35.77 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1358  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.97 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000315647  hitchhiker  0.00000356135 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.1 
 
 
228 aa  72  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0270  putative transmembrane protein  31.97 
 
 
174 aa  72  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  27.64 
 
 
173 aa  70.9  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0047  hypothetical protein  32.33 
 
 
165 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.147207  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0048  Redoxin domain protein  32.58 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0534182  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3229  thioredoxin-related protein  29.89 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000047722  normal  0.231945 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4901  Redoxin domain protein  32.8 
 
 
165 aa  69.3  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  34.68 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.49 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000117414  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.21 
 
 
174 aa  67.8  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2408  hypothetical protein  30.88 
 
 
160 aa  67.4  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908805  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.54 
 
 
196 aa  67.8  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  29.55 
 
 
183 aa  67.4  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0217  redoxin domain-containing protein  32 
 
 
171 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.219465 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  30.17 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.39 
 
 
187 aa  66.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2724  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.97 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.32328  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  28.25 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0405  redoxin domain-containing protein  30.33 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2412  Redoxin domain protein  27.38 
 
 
167 aa  65.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>