More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0311 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  98.5 
 
 
466 aa  927    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  100 
 
 
466 aa  940    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  65.37 
 
 
435 aa  555  1e-157  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  53.91 
 
 
691 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  54.7 
 
 
596 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  55.92 
 
 
591 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  55.22 
 
 
592 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  51.99 
 
 
626 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  55.94 
 
 
589 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  55.19 
 
 
604 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  52.97 
 
 
622 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  52.56 
 
 
622 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  53.23 
 
 
623 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  52.77 
 
 
625 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  52.81 
 
 
619 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  52.81 
 
 
619 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  53.03 
 
 
619 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  52.88 
 
 
609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  49.03 
 
 
469 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  51.83 
 
 
589 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  52.91 
 
 
598 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  49.64 
 
 
589 aa  397  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.73 
 
 
404 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  52.9 
 
 
596 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.5 
 
 
403 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  47.8 
 
 
581 aa  365  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.09 
 
 
576 aa  289  9e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12889  integral membrane C-type cytochrome biogenesis protein dipZ  33.26 
 
 
695 aa  226  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  57.14 
 
 
188 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3496  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.11 
 
 
570 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40474  normal  0.105344 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  56.16 
 
 
189 aa  190  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  59.29 
 
 
187 aa  190  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1911  redoxin domain-containing protein  52.45 
 
 
184 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58722  normal  0.231287 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  53.15 
 
 
178 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3290  redoxin domain-containing protein  51.75 
 
 
178 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.680402  normal  0.588727 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  51.66 
 
 
193 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17110  cytochrome c biogenesis protein  30.4 
 
 
659 aa  179  8e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473762  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2010  redoxin domain-containing protein  51.75 
 
 
178 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  48.3 
 
 
381 aa  177  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  51.41 
 
 
197 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  53.24 
 
 
200 aa  173  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  51.39 
 
 
193 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  49.67 
 
 
193 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  49.67 
 
 
193 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  50.7 
 
 
197 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  52.17 
 
 
186 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  51.91 
 
 
193 aa  168  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  48.94 
 
 
369 aa  164  3e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1839  hypothetical protein  38.16 
 
 
249 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  33.53 
 
 
503 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.24 
 
 
628 aa  109  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.75 
 
 
493 aa  108  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  38.06 
 
 
697 aa  107  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  37.06 
 
 
581 aa  106  9e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  38.3 
 
 
644 aa  103  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  38.52 
 
 
672 aa  101  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  38.52 
 
 
674 aa  100  5e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.61 
 
 
612 aa  96.7  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.82 
 
 
639 aa  96.3  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  32.84 
 
 
634 aa  96.3  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  35.82 
 
 
699 aa  95.9  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  20.29 
 
 
403 aa  95.5  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.85 
 
 
612 aa  94.7  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.58 
 
 
688 aa  94.4  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  20.76 
 
 
403 aa  94.4  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.38 
 
 
641 aa  92.4  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  30.67 
 
 
504 aa  89.4  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.84 
 
 
612 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  36.62 
 
 
487 aa  89  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  30.61 
 
 
498 aa  85.9  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  27.59 
 
 
173 aa  81.6  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.46 
 
 
183 aa  77.8  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.65 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.57 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.93 
 
 
184 aa  73.2  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  30.47 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  34.58 
 
 
584 aa  71.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.57 
 
 
189 aa  71.2  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.09 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0047  hypothetical protein  31.88 
 
 
165 aa  70.9  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.147207  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  30.37 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0048  Redoxin domain protein  31.88 
 
 
172 aa  70.1  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0534182  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.46 
 
 
238 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  30.94 
 
 
182 aa  68.6  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
196 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  32.8 
 
 
172 aa  68.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  30.37 
 
 
182 aa  68.2  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  28.91 
 
 
189 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.13 
 
 
227 aa  68.2  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2412  Redoxin domain protein  29.66 
 
 
167 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3405  ahpC/TSA family protein  30 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3367  AhpC/TSA family protein  30 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0144546  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3317  AhpC/TSA family protein  30 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3674  ahpC/TSA family protein  30 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.309572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3623  ahpC/TSA family protein  30 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131744 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  29.01 
 
 
165 aa  67  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0525  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.62 
 
 
178 aa  67  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000136072  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  31.82 
 
 
183 aa  66.6  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  26.98 
 
 
172 aa  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1566  thiol-disulfide oxidoreductase  28.12 
 
 
173 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.62392e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>