More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2089 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
404 aa  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  96.01 
 
 
403 aa  789    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  48.21 
 
 
691 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.24 
 
 
626 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48 
 
 
623 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.22 
 
 
622 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.76 
 
 
619 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.98 
 
 
619 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  50.24 
 
 
592 aa  398  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  51.56 
 
 
591 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.57 
 
 
625 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.98 
 
 
619 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.2 
 
 
466 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.69 
 
 
435 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  47.97 
 
 
622 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.73 
 
 
466 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  50.72 
 
 
589 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  50.7 
 
 
596 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  49.77 
 
 
604 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  48.5 
 
 
609 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  44.79 
 
 
469 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  48.75 
 
 
589 aa  363  4e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.05 
 
 
598 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  47.29 
 
 
581 aa  327  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.28 
 
 
589 aa  319  5e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  48.33 
 
 
596 aa  312  4.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  44.04 
 
 
576 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12889  integral membrane C-type cytochrome biogenesis protein dipZ  34.82 
 
 
695 aa  241  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3496  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.89 
 
 
570 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40474  normal  0.105344 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  62.76 
 
 
178 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1911  redoxin domain-containing protein  62.07 
 
 
184 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58722  normal  0.231287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3290  redoxin domain-containing protein  62.07 
 
 
178 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.680402  normal  0.588727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2010  redoxin domain-containing protein  62.76 
 
 
178 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  59.31 
 
 
188 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17110  cytochrome c biogenesis protein  32.64 
 
 
659 aa  191  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473762  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  56.55 
 
 
187 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  54.73 
 
 
189 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  58.04 
 
 
193 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  55.86 
 
 
197 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  54.93 
 
 
381 aa  180  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  55.17 
 
 
197 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  54 
 
 
193 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  55.1 
 
 
193 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  54 
 
 
193 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  54 
 
 
193 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  44.69 
 
 
369 aa  176  5e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  52.78 
 
 
200 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  54.29 
 
 
186 aa  169  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  43.75 
 
 
581 aa  128  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1839  hypothetical protein  39.73 
 
 
249 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.88 
 
 
493 aa  117  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  38.89 
 
 
503 aa  116  7.999999999999999e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  24.29 
 
 
403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  23.39 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  34.31 
 
 
697 aa  106  6e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.86 
 
 
612 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.86 
 
 
612 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  33.33 
 
 
504 aa  105  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.78 
 
 
628 aa  103  6e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  36.55 
 
 
644 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.96 
 
 
612 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.04 
 
 
688 aa  100  6e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.04 
 
 
639 aa  99.4  9e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  35.04 
 
 
699 aa  97.1  5e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  32.67 
 
 
498 aa  96.3  8e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.62 
 
 
641 aa  95.5  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  35.51 
 
 
672 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  34.27 
 
 
487 aa  93.6  5e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  34.78 
 
 
674 aa  93.2  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  32.12 
 
 
634 aa  93.2  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.59 
 
 
238 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  30.88 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  35.62 
 
 
584 aa  82  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.61 
 
 
403 aa  79.7  0.00000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.313576  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1851  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  20.19 
 
 
409 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  30.47 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3524  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.96 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.239201  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4600  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.96 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  20.83 
 
 
396 aa  74.3  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  29.77 
 
 
168 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3927  thioredoxin-like  30.82 
 
 
174 aa  73.6  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298512  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3381  redoxin domain-containing protein  33.33 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232312  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  30.3 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.09 
 
 
228 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  25.71 
 
 
735 aa  73.2  0.000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  26.43 
 
 
183 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.97 
 
 
280 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2412  Redoxin domain protein  29.86 
 
 
167 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.26 
 
 
196 aa  71.2  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22 
 
 
445 aa  71.2  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0506  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.81 
 
 
175 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0010915  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0634  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.24 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0779825  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  31.25 
 
 
172 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29 
 
 
227 aa  67  0.0000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  31.33 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1322  cytochrome c biogenesis protein CcdA  30.39 
 
 
242 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  24.43 
 
 
189 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  28.86 
 
 
189 aa  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  26.52 
 
 
165 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0047  hypothetical protein  30.43 
 
 
165 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.147207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>