More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1895 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  100 
 
 
189 aa  391  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3819  redoxin domain-containing protein  57.55 
 
 
155 aa  175  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0554152  hitchhiker  0.000365745 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1680  thioredoxin family protein  56.74 
 
 
173 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0732573  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  47.44 
 
 
181 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2087  redoxin domain-containing protein  49.07 
 
 
155 aa  164  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0109878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2403  Redoxin domain protein  49.67 
 
 
155 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000463478  hitchhiker  0.00393062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1923  redoxin domain-containing protein  49.67 
 
 
155 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00232148  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1916  redoxin domain-containing protein  50.33 
 
 
155 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1890  redoxin domain-containing protein  50.33 
 
 
155 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000501621  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1823  redoxin domain-containing protein  51.06 
 
 
155 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0149049  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2154  redoxin domain-containing protein  51.06 
 
 
160 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00992138  normal  0.309785 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2100  thioredoxin family protein  51.08 
 
 
155 aa  157  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1881  redoxin domain-containing protein  49.65 
 
 
160 aa  156  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2219  redoxin domain-containing protein  46.54 
 
 
171 aa  155  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.231269  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  44.23 
 
 
172 aa  144  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4599  thioredoxin family protein  41.51 
 
 
158 aa  143  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2293  thioredoxin family protein  49.61 
 
 
183 aa  140  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  46.51 
 
 
182 aa  137  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1180  RecJ exonuclease  44.3 
 
 
160 aa  136  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0271144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2790  putative electron transfer protein  41.1 
 
 
184 aa  134  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  46.46 
 
 
172 aa  129  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2408  hypothetical protein  43.41 
 
 
160 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908805  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2011  redoxin domain-containing protein  43.09 
 
 
174 aa  124  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0343225 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1572  hypothetical protein  45.08 
 
 
194 aa  122  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0149339 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1566  hypothetical protein  36.94 
 
 
172 aa  122  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  33.33 
 
 
165 aa  114  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  31.34 
 
 
168 aa  106  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  29.86 
 
 
173 aa  104  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  31.52 
 
 
170 aa  101  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  31.65 
 
 
173 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  32.59 
 
 
184 aa  99  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  30.72 
 
 
167 aa  99  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.59 
 
 
184 aa  98.2  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3455  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.07 
 
 
168 aa  98.2  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.61185  normal  0.0436894 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.49 
 
 
174 aa  97.1  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.1 
 
 
174 aa  97.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000117414  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  39.1 
 
 
196 aa  96.3  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3280  thioredoxin-related protein  30 
 
 
171 aa  94.7  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.67 
 
 
446 aa  93.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1612  redoxin domain-containing protein  36 
 
 
180 aa  92.8  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.99 
 
 
187 aa  91.7  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3473  Redoxin domain protein  32.2 
 
 
178 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.576052  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3229  thioredoxin-related protein  30.77 
 
 
170 aa  91.3  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000047722  normal  0.231945 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3537  Redoxin domain protein  31.67 
 
 
182 aa  90.9  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.694899  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1533  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.58 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0994  hypothetical protein  37.5 
 
 
311 aa  90.9  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  32 
 
 
194 aa  89.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6578  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.76 
 
 
185 aa  89.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.861573 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2046  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  37.01 
 
 
437 aa  90.1  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0189188  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3390  hypothetical protein  33.9 
 
 
182 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0525  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.29 
 
 
178 aa  90.1  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000136072  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6264  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.86 
 
 
173 aa  89  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.92814  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32 
 
 
194 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.54 
 
 
228 aa  89.4  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0364  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.25 
 
 
170 aa  89.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000189648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.15 
 
 
177 aa  89  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.17 
 
 
178 aa  88.6  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1411  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.73 
 
 
180 aa  87.8  8e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0345  redoxin domain-containing protein  32.03 
 
 
211 aa  87.4  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28 
 
 
280 aa  87  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1598  thiol-disulfide oxidoreductase  30.56 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.966744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  31.82 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0506  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.33 
 
 
175 aa  86.7  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0010915  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  31.21 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  31.62 
 
 
422 aa  87  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1356  thiol-disulfide oxidoreductase  30.56 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4480  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.47 
 
 
194 aa  85.9  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  29.33 
 
 
194 aa  85.9  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1947  redoxin  33.62 
 
 
198 aa  85.5  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.489864  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0240  Redoxin domain protein  33.08 
 
 
188 aa  85.1  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2114  thioredoxin family protein  32.81 
 
 
159 aa  85.1  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.14615  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5957  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.77 
 
 
378 aa  85.1  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.131947  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.52 
 
 
194 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  30.07 
 
 
194 aa  85.1  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.78 
 
 
196 aa  85.1  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1834  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.37 
 
 
381 aa  85.1  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1634  thiol-disulfide oxidoreductase  30.77 
 
 
173 aa  84.7  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.86 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1355  thiol-disulfide oxidoreductase  29.63 
 
 
173 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1566  thiol-disulfide oxidoreductase  30.56 
 
 
173 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.62392e-19 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.03 
 
 
169 aa  84  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1396  thiol-disulfide oxidoreductase  29.63 
 
 
173 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  29.41 
 
 
183 aa  84.3  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1843  thioredoxin-like  28.24 
 
 
164 aa  83.6  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2509  putative thiol:disulfide interchange protein  28.95 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.343954  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1383  thiol-disulfide oxidoreductase  29.63 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3817  thiol-disulfide oxidoreductase  29.63 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000518727 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2704  hypothetical protein  30.5 
 
 
205 aa  82.8  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.396222  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1494  thiol-disulfide oxidoreductase  29.63 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1528  thiol-disulfide oxidoreductase  29.63 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1833  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.87 
 
 
360 aa  82.4  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.14 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1890  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.03 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.326681  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1468  Redoxin domain-containing protein  29.52 
 
 
164 aa  82  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0261888  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2245  redoxin domain-containing protein  30.72 
 
 
165 aa  81.6  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2135  thiol-disulfide oxidoreductase  30.72 
 
 
165 aa  81.6  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3943  Redoxin domain protein  33.61 
 
 
447 aa  81.3  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2137  thiol-disulfide oxidoreductase  30.72 
 
 
156 aa  81.6  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.213967 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1358  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.33 
 
 
179 aa  81.3  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000315647  hitchhiker  0.00000356135 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2095  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.92 
 
 
288 aa  81.3  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.411423  normal  0.210806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>