More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1653 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1653  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
328 aa  673    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  67.25 
 
 
359 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2685  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.57 
 
 
364 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2793  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  67.73 
 
 
364 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.82 
 
 
381 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.8 
 
 
369 aa  332  5e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.59 
 
 
389 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.7 
 
 
381 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1437  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.88 
 
 
289 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.18 
 
 
303 aa  200  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.42 
 
 
286 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.01 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
284 aa  183  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
289 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
289 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.52 
 
 
293 aa  182  6e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.73 
 
 
298 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
288 aa  179  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
301 aa  177  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
284 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
284 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.58 
 
 
300 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
284 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
284 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
314 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
284 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
294 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.83 
 
 
309 aa  176  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.36 
 
 
297 aa  175  8e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.34 
 
 
284 aa  175  8e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.04 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.08 
 
 
296 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.76 
 
 
296 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.05 
 
 
288 aa  171  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
281 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
290 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.02 
 
 
300 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.09 
 
 
298 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.85 
 
 
286 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.69 
 
 
292 aa  169  4e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
291 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.78 
 
 
291 aa  170  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
296 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.48 
 
 
288 aa  169  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.5 
 
 
297 aa  169  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
288 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
299 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
296 aa  168  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
299 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.78 
 
 
285 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.42 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.31 
 
 
304 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
292 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.05 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.25 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.09 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.56 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.11 
 
 
298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.29 
 
 
285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.24 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
280 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.53 
 
 
307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.35 
 
 
291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
285 aa  162  6e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.55 
 
 
308 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.63 
 
 
283 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
237 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.87 
 
 
286 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.86 
 
 
299 aa  161  2e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
285 aa  161  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
289 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.86 
 
 
287 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.17 
 
 
294 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
291 aa  160  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
281 aa  159  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.17 
 
 
280 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.4 
 
 
299 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.81 
 
 
280 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
291 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.84 
 
 
294 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.17 
 
 
291 aa  159  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
295 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.98 
 
 
287 aa  159  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.46 
 
 
287 aa  159  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
461 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  36.84 
 
 
293 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
296 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.64 
 
 
270 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.7 
 
 
306 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
294 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  34.14 
 
 
294 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
300 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>