More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3009 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  506  9.999999999999999e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.41043  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
258 aa  240  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.210757  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0914697  normal  0.657506 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
233 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
232 aa  121  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.18 
 
 
246 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0297  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.52 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
228 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.126746  normal  0.0331408 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.76 
 
 
246 aa  116  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25000  short-chain alcohol dehydrogenase  36.82 
 
 
241 aa  115  6e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
247 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
252 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.22 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0818  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.24 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.644121  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0554  ribitol 2-dehydrogenase  32.22 
 
 
241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
238 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0225  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase 1 (fabG1)  38.22 
 
 
252 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
234 aa  109  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.06 
 
 
248 aa  109  6e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
269 aa  108  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
242 aa  108  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.83 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.23 
 
 
241 aa  108  8.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
254 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
239 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.785555  normal  0.162372 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
241 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
253 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
247 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1991  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.8 
 
 
245 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1390  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399104  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
251 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
271 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2278  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3043  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1014  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.48 
 
 
250 aa  106  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  32.34 
 
 
241 aa  106  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
242 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.93 
 
 
244 aa  106  5e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2264  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.74 
 
 
260 aa  106  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09940  short-chain alcohol dehydrogenase  34.27 
 
 
264 aa  106  5e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.920602  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
240 aa  105  6e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0872  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.3 
 
 
247 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0971  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  27 
 
 
248 aa  105  7e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.04 
 
 
230 aa  105  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  33.76 
 
 
250 aa  105  8e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1233  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
251 aa  105  8e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00223298  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.61 
 
 
248 aa  105  9e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
250 aa  105  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00230  short-chain alcohol dehydrogenase  41.18 
 
 
223 aa  105  9e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.06 
 
 
239 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2236  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.29 
 
 
260 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
246 aa  104  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.87 
 
 
263 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.49 
 
 
241 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.119808  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3172  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.96 
 
 
251 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
236 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.901767  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
257 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.51 
 
 
245 aa  104  1e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
257 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
247 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  29.96 
 
 
246 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
249 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
244 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
244 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
251 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
259 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 
250 aa  103  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
255 aa  103  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 
269 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2840  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.02 
 
 
250 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2932  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.02 
 
 
250 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.69 
 
 
238 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
242 aa  102  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00246779  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
240 aa  102  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
249 aa  103  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1309  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.05 
 
 
236 aa  102  5e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
274 aa  102  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 
252 aa  102  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00919  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  32.03 
 
 
230 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2748  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.39 
 
 
250 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.32 
 
 
246 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.51 
 
 
262 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
255 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>