More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1784 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 266 aa  541  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  58.96 
 
 		 261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.6 
 
 		 266 aa  292  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  56.34 
 
 		 276 aa  291  8e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  56.34 
 
 		 266 aa  291  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  55.6 
 
 		 267 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  55.64 
 
 		 263 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  55.6 
 
 		 263 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  58.87 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  52.99 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  53.73 
 
 		 262 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  54.1 
 
 		 263 aa  273  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  50.91 
 
 		 268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  54.02 
 
 		 264 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  53.64 
 
 		 262 aa  268  8e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  53.58 
 
 		 259 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  54.34 
 
 		 271 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  53.38 
 
 		 258 aa  266  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  52.61 
 
 		 263 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  53.21 
 
 		 259 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  50.75 
 
 		 260 aa  266  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  51.69 
 
 		 261 aa  265  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  54.37 
 
 		 256 aa  265  5e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  52.24 
 
 		 261 aa  265  5.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  54.2 
 
 		 263 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  52.08 
 
 		 259 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  52.29 
 
 		 263 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  49.62 
 
 		 260 aa  262  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  49.62 
 
 		 279 aa  262  4e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  54.31 
 
 		 258 aa  261  8e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  52.47 
 
 		 259 aa  261  8.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 259 aa  258  8e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  51.7 
 
 		 259 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  54.37 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  51.69 
 
 		 262 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  53.16 
 
 		 264 aa  256  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  53.53 
 
 		 264 aa  255  6e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  51.85 
 
 		 263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  53.16 
 
 		 264 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  52.47 
 
 		 264 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  52.06 
 
 		 283 aa  251  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  50.57 
 
 		 256 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  51.48 
 
 		 270 aa  249  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  49.43 
 
 		 258 aa  249  3e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  49.62 
 
 		 261 aa  249  3e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  50.94 
 
 		 272 aa  249  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  49.25 
 
 		 259 aa  248  7e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  52.85 
 
 		 269 aa  248  9e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  51.31 
 
 		 270 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  50.94 
 
 		 265 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 308 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 265 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  50 
 
 		 255 aa  244  9.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  50.94 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  52.77 
 
 		 264 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  50.94 
 
 		 260 aa  242  3.9999999999999997e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.57 
 
 		 256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  50.94 
 
 		 265 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 255 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  51.13 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  51.89 
 
 		 255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 261 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  44.94 
 
 		 263 aa  238  5e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  44.94 
 
 		 263 aa  238  5e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  51.32 
 
 		 266 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 260 aa  238  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.74 
 
 		 260 aa  238  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  51.33 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 256 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  48.67 
 
 		 257 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.35 
 
 		 274 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  48.68 
 
 		 263 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  48.11 
 
 		 264 aa  228  8e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  46.01 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  48.68 
 
 		 264 aa  224  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  51.3 
 
 		 258 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  41.79 
 
 		 281 aa  217  1e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  45.25 
 
 		 254 aa  217  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  44.57 
 
 		 255 aa  216  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  46.39 
 
 		 254 aa  207  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0371  exodeoxyribonuclease III  41.58 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.226435  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  43.89 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  43.13 
 
 		 258 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  43.35 
 
 		 272 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.51 
 
 		 258 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  43.51 
 
 		 258 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  43.51 
 
 		 258 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  42.97 
 
 		 256 aa  202  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 322 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  43.08 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  41.83 
 
 		 271 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  41.44 
 
 		 271 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  42.31 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>