53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0727 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0727  protein TolA  100 
 
 		 342 aa  665    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00429068  normal  0.0892562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0683  protein TolA  96.49 
 
 		 342 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.730086 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0734  TOLA-like transport transmembrane protein  72.13 
 
 		 345 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.747648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2676  TonB-like protein  41.85 
 
 		 360 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4425  TonB, C-terminal  41.89 
 
 		 253 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.333696  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4796  TonB domain-containing protein  34.56 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.389022  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2225  TonB family protein  35.49 
 
 		 351 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109672  hitchhiker  0.000359894 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2956  putative tolA-related transport transmembrane protein  35.33 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15947  normal  0.706854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2892  TonB-like  40.48 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.141277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1159  TonB-like  34.34 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.808431  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2674  TonB-like  33.85 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2924  TonB family protein  49.6 
 
 		 421 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2263  protein TolA  46.36 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.113233  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2773  TonB family protein  46.36 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2454  protein TolA  44.53 
 
 		 351 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3117  protein TolA  45.24 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321745  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2461  protein TolA  50 
 
 		 380 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.216675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2943  protein TolA  46.85 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0770  protein TolA  48.12 
 
 		 351 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0734059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0318  TonB-like  48.12 
 
 		 351 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.782104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0801  TonB family protein  48.12 
 
 		 351 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0794  TonB, C-terminal  44.09 
 
 		 378 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2586  protein TolA  51.33 
 
 		 350 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.807612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3919  TonB protein  41.41 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0760  protein TolA  47.06 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149249  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3890  TonB/TolA-like protein  48.51 
 
 		 351 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0678  TolA family protein  42.24 
 
 		 355 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0276  TonB domain-containing protein  50 
 
 		 283 aa  89  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.131097  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0695  protein TolA  42.14 
 
 		 355 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0337402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1374  TolA protein superfamily  53 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3240  TolA protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.137391  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0828  TolA protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1948  TolA protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2080  hypothetical protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2662  TolA protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3255  TolA-related transport transmembrane protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3202  TolA protein  47.87 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4054  TonB, C-terminal  47.14 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4255  TonB family protein  39.13 
 
 		 441 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510243  normal  0.585691 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2207  putative TonB protein  40 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259099 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0783  protein TolA  42.11 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0897  hypothetical protein  30.97 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812436  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3565  protein of unknown function DUF323  40.82 
 
 		 925 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.233339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2211  TonB family protein  40 
 
 		 274 aa  53.5  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000585223  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0469  TonB family protein  29.22 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2530  LytB protein  29.87 
 
 		 253 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000152154  normal  0.947452 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  27.17 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2092  TonB-like protein  31.11 
 
 		 264 aa  47.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.014367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3331  TonB-like  31.51 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.616701 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  26.59 
 
 		 332 aa  46.2  0.0009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3471  TonB family protein  32.26 
 
 		 245 aa  44.3  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1852  TonB-like protein  29.91 
 
 		 366 aa  43.9  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2715  TonB-like  41.46 
 
 		 353 aa  43.5  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0316774  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>