49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0678 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0695  protein TolA  98.59 
 
 		 355 aa  687    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0337402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0678  TolA family protein  100 
 
 		 355 aa  695    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0801  TonB family protein  87.08 
 
 		 351 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0770  protein TolA  87.36 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0734059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0318  TonB-like  87.08 
 
 		 351 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.782104  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3890  TonB/TolA-like protein  89.61 
 
 		 351 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2586  protein TolA  86.24 
 
 		 350 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.807612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1374  TolA protein superfamily  64.29 
 
 		 334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2080  hypothetical protein  65.23 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3255  TolA-related transport transmembrane protein  65.23 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0828  TolA protein  65.23 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1948  TolA protein  65.23 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3240  TolA protein  65.23 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.137391  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2662  TolA protein  65.23 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3202  TolA protein  64.94 
 
 		 341 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2676  TonB-like protein  42.94 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0683  protein TolA  36.44 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.730086 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2454  protein TolA  61.42 
 
 		 351 aa  146  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3919  TonB protein  58.59 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0760  protein TolA  57.85 
 
 		 344 aa  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149249  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0734  TOLA-like transport transmembrane protein  41.55 
 
 		 345 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.747648 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2225  TonB family protein  31.91 
 
 		 351 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109672  hitchhiker  0.000359894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2892  TonB-like  34.19 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.141277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1159  TonB-like  33.76 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.808431  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4796  TonB domain-containing protein  31.01 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.389022  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0727  protein TolA  49.52 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00429068  normal  0.0892562 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4425  TonB, C-terminal  37.91 
 
 		 253 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.333696  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2674  TonB-like  28.75 
 
 		 317 aa  90.5  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2956  putative tolA-related transport transmembrane protein  33.66 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15947  normal  0.706854 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2924  TonB family protein  39.13 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0794  TonB, C-terminal  45.14 
 
 		 378 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0276  TonB domain-containing protein  38.32 
 
 		 283 aa  70.1  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.131097  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2461  protein TolA  36.89 
 
 		 380 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.216675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3631  TonB-like  32.37 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.653756  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0304  protein TolA  38.37 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.28757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4054  TonB, C-terminal  43.64 
 
 		 278 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0362  band 7 protein  34.17 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2216  TonB domain-containing protein  39.06 
 
 		 316 aa  47.8  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5487  cell wall anchor domain-containing protein  26.61 
 
 		 3242 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44478  predicted protein  29.34 
 
 		 549 aa  47.4  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.578489  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0587  TonB family protein  31.48 
 
 		 324 aa  46.6  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1648  histidine kinase  31.71 
 
 		 1374 aa  45.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102759  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  28.8 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  36.84 
 
 		 317 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2207  putative TonB protein  32.53 
 
 		 290 aa  44.7  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259099 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3565  protein of unknown function DUF323  29.58 
 
 		 925 aa  43.5  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.233339 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  28.8 
 
 		 332 aa  43.1  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0468  TonB family protein  34.33 
 
 		 420 aa  42.7  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.662899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 1713 aa  42.7  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>