43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2674 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2674  TonB-like  100 
 
 
317 aa  623  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1159  TonB-like  89.91 
 
 
337 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.808431  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2892  TonB-like  47.66 
 
 
296 aa  218  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.141277 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4796  TonB domain-containing protein  45.62 
 
 
302 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.389022  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2225  TonB family protein  44.85 
 
 
351 aa  200  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109672  hitchhiker  0.000359894 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2956  putative tolA-related transport transmembrane protein  43.71 
 
 
282 aa  187  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15947  normal  0.706854 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2924  TonB family protein  56.67 
 
 
421 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2263  protein TolA  61.74 
 
 
323 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.113233  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2773  TonB family protein  61.74 
 
 
323 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2943  protein TolA  48.1 
 
 
338 aa  125  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0727  protein TolA  44.53 
 
 
342 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00429068  normal  0.0892562 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4425  TonB, C-terminal  31.1 
 
 
253 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.333696  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0683  protein TolA  43.75 
 
 
342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.730086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2676  TonB-like protein  53.41 
 
 
360 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0794  TonB, C-terminal  51.76 
 
 
378 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0734  TOLA-like transport transmembrane protein  51.19 
 
 
345 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.747648 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2454  protein TolA  35 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4255  TonB family protein  42.86 
 
 
441 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510243  normal  0.585691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3919  TonB protein  31.25 
 
 
347 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3890  TonB/TolA-like protein  40.74 
 
 
351 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0770  protein TolA  40.74 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0734059  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0318  TonB-like  40.74 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.782104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0801  TonB family protein  40.74 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1374  TolA protein superfamily  40.48 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0695  protein TolA  37.93 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0337402  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0760  protein TolA  34.52 
 
 
344 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149249  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0304  protein TolA  39.08 
 
 
275 aa  62.8  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.28757  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0276  TonB domain-containing protein  40.23 
 
 
283 aa  61.6  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.131097  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2207  putative TonB protein  30.11 
 
 
290 aa  60.5  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259099 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2715  TonB-like  47.46 
 
 
353 aa  56.2  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0316774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4054  TonB, C-terminal  40.28 
 
 
278 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3117  protein TolA  56.72 
 
 
309 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321745  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0783  protein TolA  29.61 
 
 
320 aa  51.2  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122921  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3202  TolA protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1948  TolA protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3240  TolA protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.137391  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2662  TolA protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0828  TolA protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3255  TolA-related transport transmembrane protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2080  hypothetical protein  30.57 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2586  protein TolA  45.61 
 
 
350 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.807612  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3323  protein TolA  28.65 
 
 
306 aa  46.6  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.554082  normal  0.672074 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0678  TolA family protein  43.14 
 
 
355 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>