More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0075 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
304 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  98.36 
 
 
304 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  73.18 
 
 
354 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  67.88 
 
 
299 aa  406  1e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 
304 aa  339  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  55.26 
 
 
306 aa  335  4e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  55.26 
 
 
306 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.48 
 
 
307 aa  327  2e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 
323 aa  311  6e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  56.52 
 
 
309 aa  310  3e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  53.97 
 
 
307 aa  306  2e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
299 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
300 aa  299  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69133e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 
310 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 
302 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
301 aa  290  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
304 aa  288  9e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  50.34 
 
 
319 aa  285  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 
305 aa  281  7e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 
307 aa  280  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
305 aa  279  4e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
310 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  47.19 
 
 
307 aa  271  7e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 
308 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 
308 aa  270  3e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
309 aa  268  6e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 
319 aa  268  9e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 
308 aa  267  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
307 aa  265  7e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
313 aa  264  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 
302 aa  263  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.95 
 
 
309 aa  262  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
308 aa  262  5e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  41.95 
 
 
307 aa  261  7e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
309 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 
296 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 
296 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 
296 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  40.74 
 
 
299 aa  249  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.13 
 
 
311 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 
321 aa  247  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
323 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
309 aa  239  3e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 
309 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 
307 aa  238  7e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 
310 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 
331 aa  234  1e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
310 aa  233  2e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  39.8 
 
 
302 aa  233  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  231  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  45.03 
 
 
331 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
327 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
311 aa  228  9e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
325 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  47.41 
 
 
301 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
325 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
310 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  38.59 
 
 
311 aa  225  6e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
310 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
310 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
341 aa  221  2e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
305 aa  215  6e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
304 aa  210  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
303 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
320 aa  209  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
299 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
303 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
324 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
309 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
304 aa  203  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
303 aa  202  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
303 aa  201  1e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
303 aa  200  2e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.84 
 
 
311 aa  200  2e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
320 aa  201  2e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
302 aa  200  2e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
304 aa  195  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 
308 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
327 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.71 
 
 
306 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
308 aa  189  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
327 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
327 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
308 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
306 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
308 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 
306 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>