More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3280 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  100 
 
 		 305 aa  598  1e-170  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  84.95 
 
 		 304 aa  455  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  51.96 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  55.41 
 
 		 307 aa  267  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  52.03 
 
 		 302 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  48.82 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  52.03 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  51.35 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  49.18 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  51.35 
 
 		 306 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  50.34 
 
 		 302 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  53.02 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  52.01 
 
 		 308 aa  244  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  51.19 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  54.36 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  54.36 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  47.12 
 
 		 305 aa  242  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  49.83 
 
 		 308 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  51.68 
 
 		 308 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  49.83 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  54.03 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  46.36 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  51.17 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  43.05 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  43.45 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  40.53 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  49.83 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  49.15 
 
 		 309 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  46.05 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  47.52 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  51.51 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  45.18 
 
 		 308 aa  225  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  45.18 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  45.18 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  44.67 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  44.9 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  46.08 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  38.26 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  51.51 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  47.04 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  45.72 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  47.87 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  47.87 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  47.87 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  47.87 
 
 		 314 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  47.87 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  47.54 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  47.87 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  41.83 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  47.54 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  46 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.9 
 
 		 345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  48.14 
 
 		 326 aa  219  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  48.84 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  47.97 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  46.08 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  45.07 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  45.7 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  47.52 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  47.52 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  47.52 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  47.52 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  45.64 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  47.52 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  51.54 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  48.99 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  45.36 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  45.45 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  45.64 
 
 		 312 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  46.33 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  52.58 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  43.41 
 
 		 319 aa  208  8e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  43.67 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  45.36 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  45.21 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  43.24 
 
 		 295 aa  206  6e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4158  ribokinase  49.83 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0695289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  50.17 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  50.17 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  36.79 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  45 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6387  ribokinase  41.39 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.906333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  46.62 
 
 		 321 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6187  ribokinase  51.64 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.313469  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  49.83 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4447  ribokinase  44.74 
 
 		 334 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  45.42 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.93 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  41.22 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  46.28 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  42.07 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  42.28 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  41.61 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  45.64 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  46.96 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1705  ribokinase  46.64 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.61 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  36.91 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  43.19 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  40.6 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>