More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3405 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 
457 aa  913  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  83.59 
 
 
457 aa  750  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  59.3 
 
 
443 aa  493  1e-138  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  58.64 
 
 
443 aa  488  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  55.86 
 
 
457 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  59.08 
 
 
441 aa  468  1e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  55.65 
 
 
457 aa  469  1e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  56.28 
 
 
453 aa  465  1e-130  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  56.8 
 
 
463 aa  466  1e-130  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  56.58 
 
 
463 aa  466  1e-130  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  56.58 
 
 
463 aa  466  1e-130  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  56.58 
 
 
463 aa  458  1e-128  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  58.33 
 
 
462 aa  453  1e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0132  sun protein  54.17 
 
 
571 aa  446  1e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  56.36 
 
 
488 aa  447  1e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  57.89 
 
 
462 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0155  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  55.14 
 
 
469 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0350  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.92 
 
 
519 aa  441  1e-122  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0146  sun protein  54.92 
 
 
469 aa  441  1e-122  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.92 
 
 
469 aa  441  1e-122  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0165  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.92 
 
 
469 aa  441  1e-122  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2801  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.92 
 
 
469 aa  441  1e-122  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4436  sun protein  48.02 
 
 
445 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3632  sun protein  47.91 
 
 
450 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.10429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  47.74 
 
 
425 aa  360  3e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  46.1 
 
 
470 aa  350  3e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3243  sun protein  45.65 
 
 
457 aa  345  8e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3894  sun protein  45.65 
 
 
457 aa  343  3e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  44.47 
 
 
461 aa  340  3e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  48.42 
 
 
418 aa  338  9e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0513  sun protein  48.58 
 
 
462 aa  325  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.426723 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  44.32 
 
 
435 aa  322  9e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2077  sun protein  42.6 
 
 
438 aa  321  1e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0591  sun protein  46.19 
 
 
442 aa  322  1e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3590  sun protein  45.35 
 
 
454 aa  317  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0840523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  44.64 
 
 
419 aa  316  6e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  43.23 
 
 
442 aa  315  1e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1775  Fmu (Sun) domain protein  43.27 
 
 
417 aa  301  1e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0272  Sun protein  44.64 
 
 
449 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.432064  decreased coverage  0.0030391 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4003  sun protein  49.72 
 
 
453 aa  285  1e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.5232e-07 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  39.37 
 
 
429 aa  279  7e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  39.37 
 
 
429 aa  279  7e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  39.15 
 
 
429 aa  279  9e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  39.15 
 
 
429 aa  279  9e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  39.15 
 
 
429 aa  279  9e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  39.15 
 
 
429 aa  279  9e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  39.15 
 
 
429 aa  279  9e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.95 
 
 
427 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  38.34 
 
 
428 aa  276  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  39.2 
 
 
429 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  42.94 
 
 
427 aa  276  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  38.93 
 
 
429 aa  276  5e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  42.67 
 
 
451 aa  275  1e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  38.98 
 
 
429 aa  275  1e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  38.98 
 
 
429 aa  274  2e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  36.84 
 
 
425 aa  274  2e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  38.75 
 
 
429 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  38.75 
 
 
429 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  38.7 
 
 
429 aa  273  5e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  38.29 
 
 
429 aa  273  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  4.68931e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  41.19 
 
 
434 aa  272  7e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  40.84 
 
 
434 aa  272  8e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  40.85 
 
 
431 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.07 
 
 
444 aa  270  3e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  45 
 
 
436 aa  270  3e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  41.78 
 
 
448 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0197  sun protein  44.44 
 
 
432 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  39.15 
 
 
427 aa  267  4e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  38.81 
 
 
440 aa  266  6e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  37.12 
 
 
426 aa  266  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  38.46 
 
 
427 aa  265  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  38.63 
 
 
434 aa  265  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  36.52 
 
 
437 aa  264  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  40.1 
 
 
429 aa  263  5e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  40.1 
 
 
429 aa  263  5e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  40.1 
 
 
435 aa  263  5e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  41.82 
 
 
448 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  44.64 
 
 
437 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  37.25 
 
 
433 aa  261  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  42.09 
 
 
403 aa  259  5e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  37.36 
 
 
426 aa  259  9e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  36.13 
 
 
462 aa  258  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  45.59 
 
 
429 aa  256  5e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  36.75 
 
 
431 aa  256  5e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0021  sun protein  40.92 
 
 
434 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0022  sun protein  40.92 
 
 
431 aa  253  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.242982 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  36.92 
 
 
427 aa  254  3e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  46.67 
 
 
437 aa  253  4e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  35.79 
 
 
436 aa  253  5e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  36.92 
 
 
427 aa  253  6e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  36.14 
 
 
431 aa  253  7e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  40.52 
 
 
436 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  5.06957e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  37 
 
 
427 aa  251  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  37.7 
 
 
428 aa  251  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  41.6 
 
 
462 aa  250  3e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  40.52 
 
 
436 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  42.3 
 
 
429 aa  250  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  39.02 
 
 
436 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  40.56 
 
 
436 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  1.805e-13 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  35.23 
 
 
428 aa  249  9e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>