More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0591 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0591  sun protein  100 
 
 
442 aa  871    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3243  sun protein  71.07 
 
 
457 aa  560  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3894  sun protein  70.71 
 
 
457 aa  551  1e-156  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  65.24 
 
 
461 aa  549  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4436  sun protein  66.89 
 
 
445 aa  546  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  66.29 
 
 
470 aa  539  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3590  sun protein  67.73 
 
 
454 aa  519  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0840523  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3632  sun protein  65.23 
 
 
450 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.10429 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0513  sun protein  65.83 
 
 
462 aa  508  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.426723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4003  sun protein  55.28 
 
 
453 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000045232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0272  Sun protein  56.14 
 
 
449 aa  360  3e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.432064  decreased coverage  0.0030391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  49.66 
 
 
443 aa  359  5e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  48.85 
 
 
443 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  46.51 
 
 
457 aa  350  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  50 
 
 
463 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  46.37 
 
 
457 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  50 
 
 
463 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  49.08 
 
 
488 aa  350  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  50 
 
 
463 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  46.19 
 
 
457 aa  349  6e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  48.72 
 
 
463 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  45.38 
 
 
457 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  50.62 
 
 
462 aa  344  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0155  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  49.28 
 
 
469 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  50.62 
 
 
462 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2801  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  49.03 
 
 
469 aa  342  9e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  46.48 
 
 
453 aa  342  9e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0146  sun protein  49.03 
 
 
469 aa  342  9e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  49.03 
 
 
469 aa  342  9e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0165  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  49.03 
 
 
469 aa  342  9e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0350  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  49.27 
 
 
519 aa  341  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  48.62 
 
 
441 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0132  sun protein  48.06 
 
 
571 aa  323  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.29 
 
 
418 aa  322  6e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  44.22 
 
 
425 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  41.65 
 
 
442 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.43 
 
 
419 aa  300  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  44.93 
 
 
435 aa  296  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2077  sun protein  39.47 
 
 
438 aa  271  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  39.73 
 
 
433 aa  268  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  37.84 
 
 
445 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  45.52 
 
 
451 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  42.07 
 
 
434 aa  263  6e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  43.24 
 
 
431 aa  261  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  37.65 
 
 
462 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  36.74 
 
 
427 aa  259  6e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  41.47 
 
 
437 aa  259  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  41.47 
 
 
434 aa  259  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  36.5 
 
 
427 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2118  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.6 
 
 
430 aa  257  3e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.772275  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0205  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  37.29 
 
 
430 aa  256  5e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  38.1 
 
 
434 aa  256  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.48 
 
 
443 aa  256  8e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  43.94 
 
 
429 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  43.37 
 
 
403 aa  250  3e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  37.62 
 
 
440 aa  249  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  40.19 
 
 
448 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  37.92 
 
 
436 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  46.39 
 
 
436 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.71 
 
 
427 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1775  Fmu (Sun) domain protein  38.9 
 
 
417 aa  247  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  45.78 
 
 
436 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000506957 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  36.98 
 
 
462 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  45.78 
 
 
436 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  35.57 
 
 
427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0021  sun protein  41.78 
 
 
434 aa  243  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0022  sun protein  41.78 
 
 
431 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.242982 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  38.93 
 
 
436 aa  242  9e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  45.78 
 
 
437 aa  242  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  40.19 
 
 
448 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  39.48 
 
 
436 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2869  sun protein  47.42 
 
 
433 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  45.18 
 
 
436 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  0.000000136476 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.4 
 
 
444 aa  239  6.999999999999999e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  43.24 
 
 
428 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  43.33 
 
 
427 aa  237  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  37.62 
 
 
428 aa  236  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  42.43 
 
 
426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  37.59 
 
 
429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  43.16 
 
 
425 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  37.35 
 
 
429 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1863  sun protein  48.19 
 
 
431 aa  234  3e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  36.86 
 
 
429 aa  233  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  37.11 
 
 
429 aa  233  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  36.61 
 
 
429 aa  232  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  36.61 
 
 
429 aa  232  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  36.61 
 
 
429 aa  232  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  37.11 
 
 
429 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  36.61 
 
 
429 aa  232  9e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  36.87 
 
 
429 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  36.61 
 
 
429 aa  232  9e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  41.16 
 
 
429 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  39.11 
 
 
431 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  40.18 
 
 
429 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  36.61 
 
 
429 aa  231  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  36.61 
 
 
429 aa  231  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1927  Sun protein  47.89 
 
 
429 aa  230  4e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0197  sun protein  40.82 
 
 
432 aa  230  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  42.42 
 
 
427 aa  230  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  41.89 
 
 
426 aa  227  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0617271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>