More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3562 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  83.59 
 
 		 457 aa  749    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  100 
 
 		 457 aa  920    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  59.83 
 
 		 443 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  58.64 
 
 		 443 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  54.62 
 
 		 457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  57.02 
 
 		 463 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  59.96 
 
 		 441 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  54.12 
 
 		 457 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  56.58 
 
 		 463 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  56.58 
 
 		 463 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  55.19 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  55.92 
 
 		 463 aa  458  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  56.8 
 
 		 488 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  57.89 
 
 		 462 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0132  sun protein  54.17 
 
 		 571 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  57.89 
 
 		 462 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0155  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.17 
 
 		 469 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0146  sun protein  53.95 
 
 		 469 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0350  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  53.95 
 
 		 519 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  53.95 
 
 		 469 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2801  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  53.95 
 
 		 469 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0165  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  53.95 
 
 		 469 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4436  sun protein  46.09 
 
 		 445 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  46.89 
 
 		 425 aa  354  2e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3632  sun protein  46.15 
 
 		 450 aa  349  6e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.10429 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  45.45 
 
 		 470 aa  347  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3243  sun protein  47.16 
 
 		 457 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3894  sun protein  46.92 
 
 		 457 aa  341  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.52 
 
 		 418 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  44.99 
 
 		 461 aa  333  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2077  sun protein  43.93 
 
 		 438 aa  333  5e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  44.64 
 
 		 435 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3590  sun protein  44.79 
 
 		 454 aa  318  9e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0840523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  44.64 
 
 		 419 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0591  sun protein  44.07 
 
 		 442 aa  317  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  45.28 
 
 		 442 aa  316  7e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0513  sun protein  47.49 
 
 		 462 aa  314  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426723 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1775  Fmu (Sun) domain protein  42.89 
 
 		 417 aa  299  8e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0272  Sun protein  47.14 
 
 		 449 aa  286  7e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.432064  decreased coverage  0.0030391 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  43.27 
 
 		 451 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4003  sun protein  48.6 
 
 		 453 aa  282  7.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000045232 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  37.17 
 
 		 427 aa  276  6e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.95 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  39.33 
 
 		 433 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  45.45 
 
 		 436 aa  273  4.0000000000000004e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  42.28 
 
 		 431 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  39.52 
 
 		 429 aa  272  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  39.28 
 
 		 429 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  48.01 
 
 		 437 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  39.33 
 
 		 440 aa  270  5e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  39.04 
 
 		 429 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  39.28 
 
 		 429 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  40.53 
 
 		 437 aa  270  5e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  39.04 
 
 		 429 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  38.44 
 
 		 429 aa  270  5.9999999999999995e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  39.06 
 
 		 427 aa  269  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  36.73 
 
 		 428 aa  266  8e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  38.84 
 
 		 434 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  38.07 
 
 		 435 aa  265  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  40.61 
 
 		 448 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  42 
 
 		 427 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  43.94 
 
 		 403 aa  263  4.999999999999999e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  38.07 
 
 		 429 aa  263  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  38.07 
 
 		 429 aa  263  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  37.31 
 
 		 427 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.37 
 
 		 444 aa  262  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  36.68 
 
 		 425 aa  262  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  45.24 
 
 		 437 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  41.71 
 
 		 427 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  38.55 
 
 		 429 aa  260  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  38.31 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  38.31 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  38.31 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  38.31 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  38.31 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  38.55 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  38.07 
 
 		 429 aa  258  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  44.84 
 
 		 434 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  37.06 
 
 		 426 aa  256  4e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  38.07 
 
 		 429 aa  257  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  45.29 
 
 		 429 aa  256  4e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  43.02 
 
 		 426 aa  256  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  42.38 
 
 		 462 aa  256  5e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  40.61 
 
 		 448 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  40.47 
 
 		 436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  40.71 
 
 		 436 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  39 
 
 		 434 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  40.52 
 
 		 436 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000506957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  40.24 
 
 		 436 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  0.000000136476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  42.3 
 
 		 429 aa  252  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  36.18 
 
 		 428 aa  252  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  44.31 
 
 		 429 aa  252  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  37.29 
 
 		 431 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  44.31 
 
 		 429 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  35.96 
 
 		 436 aa  249  8e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  36.02 
 
 		 462 aa  249  9e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  44.31 
 
 		 429 aa  249  9e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0912026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  39.57 
 
 		 436 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2083  sun protein  39.06 
 
 		 437 aa  248  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  38.21 
 
 		 439 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>