More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0016 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 		 418 aa  827    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  55.97 
 
 		 425 aa  428  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  56.25 
 
 		 435 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  49.77 
 
 		 442 aa  365  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  51.06 
 
 		 443 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  50.36 
 
 		 443 aa  361  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  51.26 
 
 		 419 aa  356  5e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  49.06 
 
 		 431 aa  352  5e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  51.66 
 
 		 441 aa  345  7e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  48.91 
 
 		 463 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  50.12 
 
 		 462 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  48.58 
 
 		 463 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  48.58 
 
 		 463 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  48.62 
 
 		 453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  49.88 
 
 		 462 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  49.39 
 
 		 488 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.64 
 
 		 463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  46.95 
 
 		 431 aa  336  5e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  47.2 
 
 		 457 aa  335  7.999999999999999e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  46.14 
 
 		 429 aa  335  9e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  45.9 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  45.9 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  45.9 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  45.9 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  45.9 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  47.51 
 
 		 434 aa  334  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  45.9 
 
 		 429 aa  333  5e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  45.56 
 
 		 429 aa  331  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  45.67 
 
 		 429 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  46.75 
 
 		 457 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  44.53 
 
 		 427 aa  329  6e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.56 
 
 		 457 aa  328  9e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  45.29 
 
 		 429 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  44.42 
 
 		 427 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  46.99 
 
 		 457 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.9 
 
 		 444 aa  326  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  43.35 
 
 		 445 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  44.08 
 
 		 427 aa  323  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  44.73 
 
 		 429 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  44.62 
 
 		 436 aa  322  7e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  45.22 
 
 		 433 aa  322  7e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  44.84 
 
 		 429 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  44.6 
 
 		 429 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  44.5 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4436  sun protein  46.93 
 
 		 445 aa  319  6e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  44.13 
 
 		 429 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  44.86 
 
 		 425 aa  317  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  46.71 
 
 		 431 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  48.01 
 
 		 434 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  47.78 
 
 		 434 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  46.78 
 
 		 436 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000506957 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  44.81 
 
 		 427 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0155  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.78 
 
 		 469 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  43.26 
 
 		 428 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  44.25 
 
 		 427 aa  312  7.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  46.78 
 
 		 436 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  43.02 
 
 		 427 aa  312  9e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  44.25 
 
 		 427 aa  312  9e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2801  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.54 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0146  sun protein  47.54 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0350  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.54 
 
 		 519 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0165  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.54 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.54 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  43.06 
 
 		 429 aa  311  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  47.27 
 
 		 436 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0132  sun protein  45.86 
 
 		 571 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  43.03 
 
 		 440 aa  310  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  44.39 
 
 		 426 aa  309  5e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  45.89 
 
 		 448 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  43.06 
 
 		 429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  44.03 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  46.54 
 
 		 436 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  0.000000136476 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  44.03 
 
 		 429 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  43.09 
 
 		 428 aa  306  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  44.03 
 
 		 429 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  46.46 
 
 		 436 aa  306  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3632  sun protein  46.63 
 
 		 450 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.10429 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  47.42 
 
 		 461 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  43.69 
 
 		 428 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  49.37 
 
 		 451 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  43.02 
 
 		 429 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3590  sun protein  44.85 
 
 		 454 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0840523  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0030  sun protein  43.46 
 
 		 428 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  42.79 
 
 		 429 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  43.02 
 
 		 429 aa  302  9e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0912026 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  43.22 
 
 		 428 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  48.43 
 
 		 437 aa  301  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  43.22 
 
 		 428 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0022  sun protein  43.22 
 
 		 429 aa  300  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  46.38 
 
 		 448 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2869  sun protein  46.99 
 
 		 433 aa  299  5e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  40.69 
 
 		 462 aa  298  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  40.77 
 
 		 437 aa  298  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  41.48 
 
 		 462 aa  297  2e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0030  sun protein  42.29 
 
 		 428 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  42.52 
 
 		 426 aa  296  5e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  46.46 
 
 		 437 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0513  sun protein  42.99 
 
 		 462 aa  290  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426723 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  43.77 
 
 		 403 aa  289  7e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  45.87 
 
 		 470 aa  288  9e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>