289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1195 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  100 
 
 
240 aa  477  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  98.75 
 
 
240 aa  469  1e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  85.36 
 
 
240 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  58.55 
 
 
243 aa  264  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  56.02 
 
 
242 aa  260  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  51.46 
 
 
258 aa  214  1e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  54.07 
 
 
245 aa  205  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  45.75 
 
 
215 aa  152  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  41.28 
 
 
269 aa  148  7e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  38.3 
 
 
258 aa  147  1e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  42.61 
 
 
246 aa  147  2e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  39.91 
 
 
271 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  37.61 
 
 
236 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  37.77 
 
 
270 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  40.26 
 
 
267 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  39.13 
 
 
255 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  41.81 
 
 
270 aa  141  1e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  37.34 
 
 
271 aa  140  2e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  35.74 
 
 
255 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  34.87 
 
 
262 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  39.58 
 
 
264 aa  136  3e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  37.83 
 
 
262 aa  135  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  34.03 
 
 
251 aa  132  3e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.48 
 
 
258 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  39.39 
 
 
272 aa  132  7e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  37.39 
 
 
253 aa  131  1e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  35.04 
 
 
268 aa  130  1e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.48 
 
 
258 aa  130  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  36.44 
 
 
255 aa  130  2e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  38.72 
 
 
269 aa  130  2e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  40.28 
 
 
217 aa  129  4e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  38.96 
 
 
254 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  37.83 
 
 
262 aa  128  9e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  36.21 
 
 
255 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  37.5 
 
 
255 aa  125  8e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  39.65 
 
 
260 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  34.35 
 
 
229 aa  120  2e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  38.82 
 
 
248 aa  120  2e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  41.18 
 
 
264 aa  119  4e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  36.36 
 
 
259 aa  115  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  37.61 
 
 
233 aa  115  9e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  37.55 
 
 
279 aa  112  7e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  33.91 
 
 
258 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.07 
 
 
238 aa  108  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  35.17 
 
 
242 aa  108  7e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  26.18 
 
 
230 aa  108  7e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  33.62 
 
 
243 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  28.33 
 
 
230 aa  101  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.16 
 
 
238 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  28.94 
 
 
245 aa  99.4  5e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  38.2 
 
 
227 aa  99.4  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  31.3 
 
 
227 aa  99  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  31.8 
 
 
245 aa  95.5  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  41.11 
 
 
230 aa  95.5  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  36.25 
 
 
237 aa  95.5  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  29.18 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  38.59 
 
 
271 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  25.53 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.59 
 
 
296 aa  92.4  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  33.63 
 
 
239 aa  92.4  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  36.79 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  30.54 
 
 
236 aa  90.9  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0938  competence protein ComF, putative  36.64 
 
 
207 aa  90.1  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.536329 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  35.75 
 
 
299 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  34.36 
 
 
237 aa  89.7  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  32.89 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  33.89 
 
 
262 aa  89.7  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.03 
 
 
233 aa  90.1  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  34.36 
 
 
263 aa  89.4  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.82 
 
 
251 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  35.12 
 
 
255 aa  89.4  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  32.75 
 
 
227 aa  89.4  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.03 
 
 
233 aa  89  6e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  33.33 
 
 
233 aa  89  7e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  33.05 
 
 
246 aa  89  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  23.75 
 
 
245 aa  88.2  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  39.23 
 
 
213 aa  87.8  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3729  comF operon protein 3  26.67 
 
 
234 aa  87.8  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.016688  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  32.74 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  34.63 
 
 
241 aa  85.5  7e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  29.03 
 
 
231 aa  84.7  1e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  34.19 
 
 
231 aa  83.6  2e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  30 
 
 
247 aa  83.2  3e-15  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.28235e-09  hitchhiker  2.30998e-07 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  26.67 
 
 
243 aa  82.8  5e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  30.87 
 
 
242 aa  82.4  6e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  35.9 
 
 
257 aa  82  7e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  31.43 
 
 
241 aa  82  8e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  31.03 
 
 
237 aa  82  8e-15  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  30.13 
 
 
244 aa  81.6  1e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  30.87 
 
 
244 aa  81.3  1e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  33.77 
 
 
241 aa  80.5  2e-14  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  30.47 
 
 
239 aa  80.9  2e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0247  phosphoribosyltransferase  40.25 
 
 
228 aa  80.5  2e-14  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  34.23 
 
 
279 aa  80.1  3e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0225  phosphoribosyltransferase  34.3 
 
 
222 aa  80.1  3e-14  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.13263e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  31.62 
 
 
228 aa  80.1  3e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  29.69 
 
 
244 aa  79.7  4e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  32.74 
 
 
242 aa  79  6e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  29.83 
 
 
246 aa  79  6e-14  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15330  predicted amidophosphoribosyltransferase  32.53 
 
 
230 aa  79  7e-14  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0698628  normal  0.0235577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>