More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2510 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  100 
 
 		 258 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  63.01 
 
 		 258 aa  308  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  62.6 
 
 		 258 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  62.23 
 
 		 236 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  50.21 
 
 		 262 aa  244  8e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  51.33 
 
 		 262 aa  238  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  52.3 
 
 		 255 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  52.72 
 
 		 255 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  53.39 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  49.58 
 
 		 255 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  48.92 
 
 		 271 aa  223  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  50.63 
 
 		 253 aa  222  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  51.33 
 
 		 262 aa  221  8e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  50.42 
 
 		 267 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  54.59 
 
 		 270 aa  218  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  45.38 
 
 		 270 aa  217  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  48.29 
 
 		 264 aa  208  9e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  46.31 
 
 		 254 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  49.13 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  46.12 
 
 		 271 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  46.41 
 
 		 272 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  44.73 
 
 		 251 aa  200  9.999999999999999e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  47.6 
 
 		 268 aa  195  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  47.44 
 
 		 269 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  50.57 
 
 		 279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  0.0000849043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  51.95 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  42.86 
 
 		 246 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  41.91 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  41.08 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  42.79 
 
 		 215 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  38.7 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.69 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  36.64 
 
 		 239 aa  136  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  38.24 
 
 		 242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  38.63 
 
 		 259 aa  135  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  36.63 
 
 		 243 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  37.34 
 
 		 245 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  34.2 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  30.53 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  37.1 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  39.73 
 
 		 239 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  35.37 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  40 
 
 		 260 aa  125  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.78 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  33.91 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  38.25 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  37.86 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.32 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  36.28 
 
 		 237 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  34.95 
 
 		 258 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  37.5 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  34.35 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  34.96 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  30.84 
 
 		 230 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  30.13 
 
 		 234 aa  115  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  34.93 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  34.91 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  30.13 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  33.8 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  31.58 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  37.08 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.77 
 
 		 233 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  33.97 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  30.17 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  32.02 
 
 		 233 aa  108  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.09 
 
 		 251 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  33.91 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  34.08 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  39.24 
 
 		 227 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  32.77 
 
 		 246 aa  105  8e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2240  phosphoribosyltransferase  33.61 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  31.95 
 
 		 279 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  33.2 
 
 		 247 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000228235  hitchhiker  0.000000230998 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  30.3 
 
 		 227 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  35.47 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.47 
 
 		 239 aa  102  8e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  31.12 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  33.61 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  30.92 
 
 		 232 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  30.17 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  31.67 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0200  competence protein  31.49 
 
 		 269 aa  99.4  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  32.2 
 
 		 230 aa  99  7e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000715358  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  26.5 
 
 		 245 aa  99  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  33.48 
 
 		 233 aa  98.6  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  31.03 
 
 		 236 aa  98.2  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  25.86 
 
 		 270 aa  97.4  2e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  30.21 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  34.35 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  39.77 
 
 		 243 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  36.18 
 
 		 213 aa  95.5  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2371  phosphoribosyltransferase  30.51 
 
 		 231 aa  95.5  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.22 
 
 		 243 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  30 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  33.18 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  33.9 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  35.11 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  35.75 
 
 		 271 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.23 
 
 		 246 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  34.87 
 
 		 232 aa  93.2  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>