More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0456 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  100 
 
 		 306 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  92.48 
 
 		 306 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  86.93 
 
 		 306 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  78.83 
 
 		 305 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0264  thioredoxin-related  79.08 
 
 		 305 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  70.42 
 
 		 310 aa  441  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0073  thioredoxin-related  71.47 
 
 		 336 aa  411  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  59 
 
 		 302 aa  341  9e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  57.93 
 
 		 326 aa  341  9e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  58.67 
 
 		 302 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  56.16 
 
 		 334 aa  336  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  58.02 
 
 		 306 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  57.64 
 
 		 317 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3284  thioredoxin  53.9 
 
 		 320 aa  329  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  55.67 
 
 		 324 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  53.77 
 
 		 324 aa  324  1e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  53.25 
 
 		 329 aa  324  1e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  53.42 
 
 		 324 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  54.27 
 
 		 330 aa  321  8e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  54.43 
 
 		 300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  52.46 
 
 		 302 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  52.46 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  56.4 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1312  thioredoxin  54.79 
 
 		 302 aa  298  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.968155  hitchhiker  0.00158392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2792  thioredoxin  55 
 
 		 307 aa  292  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336164  normal  0.284427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3711  thioredoxin-related  47.75 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2894  thioredoxin  46.49 
 
 		 304 aa  262  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  48.11 
 
 		 306 aa  262  4.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0054  thioredoxin domain-containing protein  45.95 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.621806 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0139  thioredoxin  48.83 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2938  thioredoxin  47.28 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1489  thioredoxin domain-containing protein  48.49 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481302  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  44.44 
 
 		 303 aa  256  5e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  50.17 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  47.7 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2254  Thioredoxin domain  44.41 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.708544  normal  0.526752 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2127  thioredoxin domain-containing protein  40.71 
 
 		 311 aa  235  7e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  42.51 
 
 		 282 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3667  thioredoxin domain-containing protein  40.83 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  42.16 
 
 		 282 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  39.86 
 
 		 282 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  38.78 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  36.93 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2527  thioredoxin  38.31 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2665  thioredoxin-related  41.87 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  37.98 
 
 		 280 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1818  thioredoxin  37.98 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314014 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  38.89 
 
 		 282 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  37.41 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  36.59 
 
 		 281 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  37.06 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  37.06 
 
 		 282 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  37.5 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  35.54 
 
 		 281 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  35.19 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  35.89 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  37.5 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  37.45 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  33.45 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  39.03 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  36.17 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  37.5 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  34.84 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  34.38 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  34.84 
 
 		 290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  35.15 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  34.49 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  37.85 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  35.89 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  37.5 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  37.5 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  34.36 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  31.71 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  36.3 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  37.5 
 
 		 282 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  37.85 
 
 		 918 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  34.2 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  34.15 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  34.84 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  35.97 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  32.34 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0364  thioredoxin domain-containing protein  36.1 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000110184 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  32.65 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  31.83 
 
 		 269 aa  153  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0294  putative thioredoxin protein  37.92 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.918989  normal  0.0369237 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  33.45 
 
 		 285 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  33.1 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  35.64 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  35.19 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  35.59 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  34.15 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2614  thioredoxin family protein  36.17 
 
 		 271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1276  thioredoxin domain protein  35.97 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4628  thioredoxin  32.79 
 
 		 341 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0993  thioredoxin  36.63 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1038  thioredoxin  34.38 
 
 		 277 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5094  thioredoxin  33.12 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1467  thioredoxin  32.98 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  32.4 
 
 		 286 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  31.65 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>