More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4663 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  100 
 
 		 370 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  79.4 
 
 		 371 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  77.3 
 
 		 370 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  76.49 
 
 		 370 aa  567  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  75.68 
 
 		 370 aa  559  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  76.22 
 
 		 370 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  75.14 
 
 		 370 aa  555  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  70.27 
 
 		 370 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  71 
 
 		 373 aa  514  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  70.19 
 
 		 370 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  66.76 
 
 		 373 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  66.76 
 
 		 382 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  66.76 
 
 		 382 aa  497  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  67.85 
 
 		 373 aa  496  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  67.03 
 
 		 373 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  66.67 
 
 		 374 aa  482  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  63.78 
 
 		 372 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  62.57 
 
 		 376 aa  468  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  63.49 
 
 		 373 aa  466  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  63.76 
 
 		 374 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  63.11 
 
 		 374 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  63.66 
 
 		 397 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  64.38 
 
 		 374 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  64.66 
 
 		 376 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  63.56 
 
 		 374 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  61.48 
 
 		 374 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  61.48 
 
 		 374 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  61.2 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  61.48 
 
 		 374 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  61.2 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  61.48 
 
 		 374 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  60.93 
 
 		 374 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  62.23 
 
 		 371 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  63.39 
 
 		 374 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  63.39 
 
 		 375 aa  432  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  59.73 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  59.73 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  59.73 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  59.73 
 
 		 374 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  59.73 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.2 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  58.2 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  58.2 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  57.92 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  58.2 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  57.92 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  58.2 
 
 		 374 aa  425  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  57.92 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  57.92 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  64.21 
 
 		 374 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  62.4 
 
 		 374 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  59.29 
 
 		 412 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  56.13 
 
 		 374 aa  401  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  54.1 
 
 		 373 aa  401  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  56.25 
 
 		 373 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  52.75 
 
 		 376 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  50.96 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  50.82 
 
 		 375 aa  366  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  51.5 
 
 		 393 aa  359  5e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  46.98 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  49.59 
 
 		 390 aa  346  4e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  47.66 
 
 		 374 aa  346  4e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  47.43 
 
 		 399 aa  344  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  47.43 
 
 		 399 aa  344  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  50.14 
 
 		 379 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  46.49 
 
 		 401 aa  340  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  47.15 
 
 		 398 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  46.59 
 
 		 375 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  49.3 
 
 		 382 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  48.37 
 
 		 370 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  48.1 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  48.1 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  47.95 
 
 		 375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  48.91 
 
 		 372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  48.34 
 
 		 379 aa  322  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  43.84 
 
 		 374 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  47.11 
 
 		 350 aa  301  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  40.22 
 
 		 374 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  41.58 
 
 		 374 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  41.03 
 
 		 374 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  32.62 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  28.91 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  30.29 
 
 		 372 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  30.71 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  32.06 
 
 		 377 aa  143  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  28.13 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  30.98 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  27.61 
 
 		 368 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  28.18 
 
 		 368 aa  136  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  29.71 
 
 		 378 aa  135  9e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  27.93 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1910  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  29.97 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170149  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  26.9 
 
 		 376 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  28.76 
 
 		 373 aa  132  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  27.98 
 
 		 368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  28.23 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  27.98 
 
 		 368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  29.15 
 
 		 370 aa  130  3e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 376 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>