178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4041 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4041  hypothetical protein  100 
 
 		 367 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.474065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4715  Mammalian cell entry related domain protein  71.54 
 
 		 398 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324726  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1375  hypothetical protein  70.65 
 
 		 390 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1355  hypothetical protein  70.46 
 
 		 390 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1923  hypothetical protein  67.48 
 
 		 369 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.743497  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5748  ABC transporter substrate-binding protein  64.95 
 
 		 367 aa  480  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.588091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3498  hypothetical protein  45.43 
 
 		 378 aa  293  3e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.252503 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1629  hypothetical protein  45.1 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.232196 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4483  Mammalian cell entry related domain protein  45.64 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5555  ABC transporter periplasmic-binding protein  44.95 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99193  normal  0.689785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1638  hypothetical protein  43.63 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1317  hypothetical protein  43.69 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1454  hypothetical protein  42.93 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0474733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3670  hypothetical protein  36.28 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0456409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2805  Mammalian cell entry related domain protein  40 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4115  hypothetical protein  38.94 
 
 		 307 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0544388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1954  hypothetical protein  42.55 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.104433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0819  Mammalian cell entry related domain protein  38.61 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940856  normal  0.371377 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0853  Mammalian cell entry related domain protein  38.61 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.0740756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0893  hypothetical protein  38.61 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.932259  normal  0.840241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4935  hypothetical protein  38.12 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4963  Mammalian cell entry related domain protein  38.12 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0522  Mammalian cell entry related domain protein  38.46 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629914  normal  0.424693 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1032  ABC transporter substrate-binding protein  57.58 
 
 		 101 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2344  hypothetical protein  35.51 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0043368 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0577  hypothetical protein  38.51 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.749568  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1552  hypothetical protein  34.45 
 
 		 458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394461  normal  0.189115 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0626  ABC transporter permease  38.51 
 
 		 308 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.112844  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03181  ABC transporter substrate-binding protein  37.82 
 
 		 308 aa  110  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.721062  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1542  hypothetical protein  34.2 
 
 		 458 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.133417  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2193  Mammalian cell entry related domain protein  33.92 
 
 		 456 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141725  normal  0.182946 
 
 
-
 
NC_004310  BR1021  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.98 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1982  Mammalian cell entry related domain protein  33.92 
 
 		 456 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0362661  normal  0.670067 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2514  hypothetical protein  31.96 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0373094  hitchhiker  0.00640469 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0988  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.46 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0158  hypothetical protein  33.67 
 
 		 312 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0371  hypothetical protein  33.51 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2109  hypothetical protein  36.46 
 
 		 331 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0140  hypothetical protein  33.17 
 
 		 312 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.682464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5087  hypothetical protein  33.17 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0684473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0156  hypothetical protein  33.17 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997452 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1895  ABC transporter substrate binding protein  30.53 
 
 		 455 aa  99.8  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22660  hypothetical protein  33.18 
 
 		 312 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1913  hypothetical protein  32.73 
 
 		 312 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1503  Mammalian cell entry related domain protein  28.68 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1610  hypothetical protein  31.16 
 
 		 313 aa  97.8  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0039  hypothetical protein  33.51 
 
 		 312 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.292682  normal  0.178021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04760  MCE domain protein  35.68 
 
 		 312 aa  97.4  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.321932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1195  hypothetical protein  31.82 
 
 		 312 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0479  hypothetical protein  46.28 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0772873  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2028  hypothetical protein  35 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2811  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.24 
 
 		 321 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.218461  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1679  hypothetical protein  30.93 
 
 		 298 aa  91.3  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1487  hypothetical protein  42.24 
 
 		 321 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.30011 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1896  hypothetical protein  31.95 
 
 		 204 aa  90.1  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2023  hypothetical protein  34.5 
 
 		 307 aa  89.7  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1156  Mammalian cell entry related domain protein  32.8 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4116  hypothetical protein  32.12 
 
 		 213 aa  89  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0330836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2315  hypothetical protein  28.11 
 
 		 433 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.629666  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1718  hypothetical protein  40.52 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0661  hypothetical protein  34.15 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.350173 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2008  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.19 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2002  hypothetical protein  36.51 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1820  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.44 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1639  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.44 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3671  hypothetical protein  35.37 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2192  protein of unknown function DUF330  32.34 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0373997  normal  0.146853 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3566  hypothetical protein  32.07 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.46814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1203  hypothetical protein  32.16 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.511791  normal  0.098201 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2110  lipoprotein  32.68 
 
 		 209 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.214262  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1841  hypothetical protein  35.03 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1981  putative ABC transporter protein  32.93 
 
 		 203 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00566413  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1955  hypothetical protein  32.26 
 
 		 192 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2804  protein of unknown function DUF330  37.14 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2048  hypothetical protein  31.64 
 
 		 579 aa  77  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.715666 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0100  Mammalian cell entry related domain protein  34.48 
 
 		 316 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4964  protein of unknown function DUF330  34.27 
 
 		 200 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4936  hypothetical protein  35.37 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1543  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like  28.14 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0904417  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1222  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.24 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0743  hypothetical protein  25.24 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0090  mce related protein  24.41 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0699486  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1022  putative lipoprotein  31.37 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2744  hypothetical protein  32.52 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0811657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0297  Mammalian cell entry related domain protein  31.18 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.525082  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1794  Mammalian cell entry related domain protein  40.8 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2135  mce-related protein  40.8 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0989  putative lipoprotein  31.37 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1360  Mammalian cell entry related domain protein  29.21 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0376  Mammalian cell entry related domain protein  32.49 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.202968  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0854  protein of unknown function DUF330  32.65 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.251206  normal  0.0973906 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0894  hypothetical protein  32.65 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.749992 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1435  hypothetical protein  24.32 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0152442  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0820  protein of unknown function DUF330  31.47 
 
 		 207 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.24879 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0119  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.79 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22650  putative ABC-type uncharacterized transport system  28.29 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2908  hypothetical protein  30.41 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1551  hypothetical protein  30.46 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0315787  normal  0.155463 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2810  hypothetical protein  29.38 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.177575 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2948  hypothetical protein  29.38 
 
 		 310 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>