More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1728 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  88.4 
 
 		 386 aa  709    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  89.43 
 
 		 389 aa  706    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  100 
 
 		 388 aa  810    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  87.11 
 
 		 383 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  92.53 
 
 		 386 aa  749    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  88.89 
 
 		 389 aa  706    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  87.89 
 
 		 382 aa  720    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  60 
 
 		 386 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  60 
 
 		 386 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.26 
 
 		 386 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  60.21 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  62.06 
 
 		 386 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.51 
 
 		 386 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  60.21 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  60.21 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  60.21 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  60.21 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  60.21 
 
 		 386 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.74 
 
 		 386 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  59.74 
 
 		 386 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  61.35 
 
 		 386 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.46 
 
 		 381 aa  510  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  61.83 
 
 		 371 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  61.29 
 
 		 371 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  60.98 
 
 		 384 aa  501  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  62.47 
 
 		 387 aa  498  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.7 
 
 		 384 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  59.78 
 
 		 388 aa  498  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.6 
 
 		 384 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.32 
 
 		 382 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.33 
 
 		 384 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  59.27 
 
 		 383 aa  486  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.42 
 
 		 387 aa  481  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.16 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.91 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  61.04 
 
 		 392 aa  478  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.16 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  62.21 
 
 		 369 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.68 
 
 		 382 aa  471  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  62.07 
 
 		 372 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  60.47 
 
 		 371 aa  456  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  60.67 
 
 		 367 aa  448  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.67 
 
 		 367 aa  448  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.62 
 
 		 338 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.62 
 
 		 338 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.54 
 
 		 337 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  55.04 
 
 		 377 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.82 
 
 		 402 aa  404  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  57.72 
 
 		 340 aa  395  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.68 
 
 		 339 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  52.56 
 
 		 366 aa  392  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  52.25 
 
 		 336 aa  389  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  56.89 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  58.64 
 
 		 338 aa  385  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  54.93 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  56.19 
 
 		 335 aa  375  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  53.78 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  53.87 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  52.25 
 
 		 334 aa  368  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  51.08 
 
 		 332 aa  358  9.999999999999999e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.94 
 
 		 334 aa  353  2.9999999999999997e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  46.43 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  41.77 
 
 		 331 aa  286  5e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  44.03 
 
 		 332 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  42.86 
 
 		 332 aa  280  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  43.4 
 
 		 332 aa  279  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  43.83 
 
 		 333 aa  278  9e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  42.55 
 
 		 332 aa  278  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  42.25 
 
 		 332 aa  276  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.95 
 
 		 332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  57.69 
 
 		 157 aa  158  1e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  27.85 
 
 		 338 aa  99  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 		 344 aa  95.9  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  26.03 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  27.39 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  25.41 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  27.2 
 
 		 387 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1760  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.21 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2045  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.56 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.990495  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.82 
 
 		 393 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 366 aa  72  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  26.72 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.45 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 565 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  31.45 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.82 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  28.41 
 
 		 491 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  31.9 
 
 		 393 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  29.25 
 
 		 418 aa  68.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.27 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 		 404 aa  67  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 265 aa  67  0.0000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  29.09 
 
 		 429 aa  66.6  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  28.57 
 
 		 1002 aa  66.2  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1293  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 		 446 aa  66.2  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000719157  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  32.32 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13126  molybdenum cofactor biosynthesis protein A moaA1  28.82 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0851136 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  32.93 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>